Enquêtes EpiCOV et Sapris : quels sont les enjeux biologiques ?

Santé publique France a l’expérience d’études comportant un volet biologique incluant l’utilisation de kits d’auto-prélèvement à domicile sur papier buvard. Nous l’avions expérimenté en 2016 dans le cadre du BaroTest pour évaluer l’acceptabilité et la faisabilité de l’auto-prélèvement à domicile pour le dépistage du VIH et des hépatites B et C auprès d’un large échantillon de la population générale (près de 15 000 personnes). Cette expérience nous a permis d’être en capacité d’organiser seulement en quelques semaines les volets biologiques de ces deux études et de mettre à disposition 40 000 kits d’auto-prélèvement dès le début du mois de mai. Mais les difficultés ont été nombreuses. Nous étions en période de confinement et beaucoup d’entreprises étaient à l’arrêt, ce qui a, par exemple, terriblement compliqué l’approvisionnement en matériel et la constitution des kits. Outre les problèmes logistiques, la principale difficulté a été notre faible connaissance de la maladie qui nous a obligés à décider dans un contexte d’incertitude. Nous savons que le buvard est un très bon support pour le VIH ou les hépatites – la littérature est abondante sur ce sujet – mais évidemment nous avons moins de certitudes s’agissant du SARS-CoV-2. D’autres options ont été discutées comme un prélèvement salivaire ou nasopharyngé. Ce dernier semblait trop complexe à réaliser par une personne et la salive contient moins d’anticorps que le sang. Par ailleurs, le buvard est un support très stable et l’expérience du BaroTest a montré que les personnes parvenaient très bien à déposer quelques gouttes de sang sur celui-ci après une petite piqûre au bout du doigt. C’est donc le buvard qui a été choisi en accord avec les virologues associés aux projets. 

Pour chaque buvard, un sachet spécial avec un sachet anti-humidité assure la bonne préservation du prélèvement pendant leur transport par la Poste vers les Centres de Ressources Biologiques associés. Pour la première phase, il y en a un à Paris (CEPH, Fondation Jean Dausset) et un à Bordeaux (Bordeaux Biothèque Santé, CHU de Bordeaux). Une fois arrivés, ils sont enregistrés par leur numéro unique puis conservés individuellement dans un sachet hermétique et opaque en chambre froide à -20°C. Ils seront ensuite expédiés vers le laboratoire de virologie (« Unité des virus émergents », Inserm, IRD, Aix-Marseille Université) par un transport réfrigéré.

Pour ces études, les tests réalisés sont des tests sérologiques. Dans son avis publié le 2 mai 2020, la Haute Autorité de Santé a souligné l’intérêt de ces tests dans les enquêtes épidémiologiques. Une stratégie combinant deux tests a été élaborée par l’Unité des virus émergents. Dans un premier temps, des traces d’anticorps, les cellules du système immunitaire qui défendent contre le virus, vont être recherchées. Pour ces tests, le but est d’avoir une bonne valeur prédictive négative (ou spécificité) : un résultat « négatif » permet d'exclure avec confiance le fait que les personnes n’ont pas été en contact avec le coronavirus. Puis, sur les échantillons « positifs », un test de séroneutralisation avec une forte valeur prédictive positive va être réalisé. Il permettra de confirmer la présence d’anticorps actifs contre l’infection. Cette stratégie permet de garantir un résultat fiable de la sérologie au niveau individuel.

Dans le projet SAPRIS, un premier questionnaire a été proposé aux personnes participant aux cohortes dès le mois d’avril 2020 ; il a été complété par 120 000 participants. Un second questionnaire est en cours et a déjà mobilisé plus de 70 000 répondants. Il associe une première campagne d’envoi de 20 000 kits d’auto-prélèvement pour la réalisation des premières sérologies. En juin, 80 000 sérologies supplémentaires seront prélevées et analysées.
La première vague d’EpiCOV est lancée (mai 2020) et associe la passation d’un questionnaire par téléphone ou internet et la proposition d’un kit d’auto-prélèvement pour un sous-échantillon de répondants (20 000 environ) en vue de la réalisation d’une sérologie. Ces prélèvements permettront, dans un premier temps, d’évaluer avec précision la pénétration du virus dans les départements qui ont été particulièrement touchés (dans le Grand-Est, en Ile de France) et au niveau national. Lors de la seconde vague d’enquête qui se déroulera à partir du mois de juin, tous les répondants se verront proposer un kit (100 000 kits attendus dont 10% pour tous les membres d’un même foyer) et une estimation pourra être faite pour chacun des départements français, y compris la Martinique, Guadeloupe et à La Réunion.