Les 4 et 18 mai 2016, François Bourdillon a été auditionné par le Sénat et l'Assemblée nationale au titre de l'article L. 1451-1 du code de la santé publique qui prévoit l'audition préalable par les commissions concernées, avant leur nomination ou leur reconduction, des présidents et directeurs d'une dizaine d'agences sanitaires.
Lors de cette audition, François Bourdillon a présenté sa conception de la fonction de directeur général de l'agence et à répondu à une série de questions (orientations stratégiques…).Le directeur général est nommé par décret du Président de la République pour 3 ans, renouvelable une fois.
Retrouvez l'intégralité de son audition : vidéo de l'Assemblée nationale