Géodes : de nouveaux indicateurs en open data

Depuis le début de l’épidémie, Santé publique France met à disposition de tous les données issues des systèmes de surveillance : contaminations, hospitalisations, entrées en réanimation, mortalité, couverture vaccinale, variants et mutations. Ces indicateurs se déploient au plus près des populations et des territoires et permettent de fonder la stratégie de lutte contre l’épidémie. 

Sont disponibles en open data :

• les données de couverture vaccinale concernant les moins de 18 ans
• les nouveaux indicateurs relatifs au criblage des 3 mutations d’intérêt (E484K, E484Q et L452R), conformément à ce qui avait été annoncé au moment du changement de stratégie de criblage

Couverture vaccinale des moins de 18 ans 

Le 15 juin 2021, une nouvelle étape dans la campagne de vaccination a été franchie avec l'ouverture de la vaccination aux adolescents de 12 à 17 ans inclus. Deux semaines après, Santé publique France publie en open data les couvertures vaccinales chez les moins de 18 ans avec la répartition par tranche d’âge suivante : 0-4 ans, 5-9 ans, 10-11 ans, 12-17 ans. 

Les vaccinations observées chez les enfants de moins de 12 ans correspondent probablement à des enfants à très haut risque de forme grave de COVID-19.

Les indicateurs de couverture vaccinale publiés sur la plateforme Géodes concernent les vaccinations avec au moins une dose et les vaccinations complètes, réalisées avec le vaccin Pfizer-BioNTech, le seul actuellement autorisé aux mineurs par l'agence européenne des médicaments (EMA). 

Cinq nouveaux indicateurs sur les mutations d’intérêt

Depuis le 31 mai 2021, la stratégie de criblage a évolué pour rechercher certaines mutations d’intérêt pouvant être retrouvées dans différents variants. Elle permet de suivre l’évolution dans le temps et sur le territoire de la proportion des infections dues à un virus porteur de ces mutations. Les mutations E484K, E484Q et L452R ont été sélectionnées car elles sont potentiellement liées à un échappement immunitaire et/ou à une augmentation de transmissibilité et sont retrouvées dans la majorité des VOC à ce jour.

Connaissances disponibles sur les mutations E484K, E484Q et L452R ou les variants qui les portent au 30/06/2021

* Les séquences déposées par le Royaume-Uni représentent environ 60% de la totalité des séquences de SARS-CoV-2 déposées dans GISAID à l’échelle internationale, sur la période 1er – 28 juin 2021. Afin d’éviter un biais d’interprétation des données à l’échelle mondiale, les séquences britanniques ont été exclues de l’analyse sur cette période.

Avant de publier ces données en open data, Santé publique France s’est assurée de la montée en charge effective des nouveaux kits de criblage, de la qualité et l’exhaustivité des données et la production et l’organisation du partage de l’ensemble des nouveaux indicateurs.

La mise à disposition de ces nouveaux indicateurs, fiables et expertisés, contribue à une bonne information des publics et un appui à la gestion de l’épidémie de COVID-19.