Le réseau Sentinelles
Le réseau Sentinelles, animé par l'Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (UMR-S1136) de l'Inserm et de l'Université Pierre et Marie Curie, est composé des médecins généralistes et de pédiatres. Toute l’année, il estime à partir des cas déclarés par les médecins généralistes, qui représentent environ 0,5% de l’ensemble des médecins généralistes, le nombre hebdomadaire de patients consultant pour syndromes grippaux (SG), exprimé en incidence (nombre de consultations) ou en taux d’incidence (nombre de consultations pour 100 000 habitants) au niveau national et régional. La définition de cas des syndromes grippaux est : fièvre supérieure à 39°C, d’apparition brutale avec myalgies et signes respiratoires. Les médecins généralistes et les pédiatres effectuent des prélèvements rhino-pharyngés qui sont adressés au Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires (dont la grippe) essentiellement et au laboratoire de virologie de l’Université de Corse pour confirmation du diagnostic de grippe. Les prélèvements pour confirmation du diagnostic de grippe sont réalisés sur un échantillon représentatif des patients consultant pour un syndrome grippal durant la saison. Ils permettent de suivre l’évolution hebdomadaire de la proportion de prélèvements positifs pour la grippe, d’identifier les types et sous-types de virus grippaux circulants, et en fin de saison d’évaluer l’incidence de consultations pour grippe confirmée au laboratoire et de participer aux estimations nationales et européennes d’efficacité vaccinale.
SOS Médecins
Les associations SOS Médecins assurent une permanence des soins qui permet de disposer de données relatives aux consultations réalisées 7j/7, 24h/24 y compris les jours fériés et pendant les vacances scolaires dans la zone géographique qu’elles couvrent. Ces données sont transmises quotidiennement à Santé publique France via l’envoi d’un fichier crypté unique qui permet d’estimer le nombre quotidien et hebdomadaire de patients consultant pour syndrome grippal. La définition de cas utilisée par SOS Médecins est : fièvre supérieure à 38,5° d’apparition brutale, accompagnée de myalgies et de signes respiratoires. En 2019-2020, 62 associations SOS Médecins participent à cette surveillance. La proportion hebdomadaire de patients avec un diagnostic de grippe ou syndrome grippal parmi l’ensemble des actes codés par SOS Médecins est calculée dans chaque région et au niveau national.
Les passages et hospitalisations aux urgences
Depuis juin 2004, Santé publique France recueille quotidiennement les données transmises par les services d’accueil des urgences en France, par l’intermédiaire du réseau Oscour® (Organisation de la surveillance coordonnée des urgences).
Pour la saison 2017-2018, plus de 600 structures d’urgence participaient à la surveillance de la grippe, couvrant en France métropolitaine plus de 93% des passages aux urgences. L’analyse de ces données permet d’observer les variations hebdomadaires du nombre de patients consultant aux urgences ou hospitalisés avec un diagnostic de grippe (codé selon la CIM-10). Cette surveillance hospitalière est déclinée par classe d’âge et par niveau géographique (national et régional). L’indicateur retenu est la proportion d’hospitalisations avec un diagnostic de grippe/syndrome grippal parmi l’ensemble des hospitalisations, tous âges confondus ou pour la classe d’âge considérée. Cet indicateur, associé à la proportion d’hospitalisations après passages pour grippe/syndrome grippal est un indicateur de la sévérité de l’épidémie.
Les cas graves hospitalisés en réanimation
La nouvelle surveillance conjointe des cas graves de grippe et de COVID-19 a débuté le 5 octobre 2020 (semaine 40-2020) pour une durée indéterminée dans un premier temps. La période de surveillance sera revue régulièrement en fonction de l’évolution de la dynamique épidémiologique et des connaissances portant sur l’interaction du SARS-CoV-2 et des virus respiratoires dits « hivernaux », en particulier les virus grippaux.
Le recueil des données s’appuie sur le réseau des services de réanimation sentinelles établi en 2018 initialement pour la surveillance des cas graves de grippe. La surveillance des cas graves de COVID-19 s’est appuyée sur ce même réseau, renforcé par une vingtaine de services de réanimation de France métropolitaine ne faisant pas partie du réseau.
Les objectifs de ce dispositif de surveillance sont :
- Objectif général :
- Suivre la dynamique épidémiologique des cas graves de grippe et de COVID-19 admis en réanimation à l’approche de la « saison hivernale » dans le contexte de la pandémie de COVID-19
- Objectifs spécifiques :
- Documenter la contribution spécifique des virus de la grippe et du SARS-CoV-2 parmi les admissions en réanimation ;
- Décrire et documenter les comorbidités et les caractéristiques des patients admis en réanimation pour grippe ou infection à SARS-CoV-2.
Fiches régionales de signalement grippe et covid-19 2022-2023 à télécharger :
Contrairement à la France métropolitaine, la surveillance de la grippe est assurée tout au long de l’année dans les DROM et COM en raison du profil différent de circulation des virus grippaux dans les zones à climat tropical.
Dans les Antilles françaises (Guadeloupe, Saint-Martin, Saint Barthélémy, Martinique), la surveillance de la grippe est assurée par des réseaux sentinelles de médecins généralistes volontaires (15-20% de l’ensemble des médecins généralistes) et qui, chaque semaine, signalent aux ARS le nombre de patients vus pour un syndrome grippal. Les données sont ensuite analysées par Santé publique France Antilles. De plus, le nombre de visites pour syndrome grippal est également suivi en Martinique par l’association SOS Médecins ainsi que le nombre de passages aux urgences pédiatriques et d’hospitalisations pour syndrome grippal. En Guadeloupe, Saint-Martin et Saint-Barthélemy, le nombre de passages aux urgences et d’hospitalisations pour syndrome grippal est disponible toutes les semaines via le Réseau Oscour®. La surveillance des cas graves de grippe hospitalisés est également mise en place d’octobre à avril dans les services de réanimation et de soins intensifs des établissements hospitaliers de la Martinique et de la Guadeloupe. Une surveillance virologique est réalisée à partir des prélèvements effectués par un échantillon de médecins généralistes volontaires entre octobre et avril chaque année et par les médecins hospitaliers pour les patients diagnostiqués à l’hôpital. Les analyses virologiques sont réalisées par les CHU et par le CNR (Institut Pasteur de Guyane). Les résultats sont centralisés par la cellule régionale Antilles qui réalise une rétro-information régulière de la situation de la grippe auprès de ses partenaires via des points épidémiologiques.
En Guyane, la surveillance de la grippe repose, à la fois sur un réseau sentinelle de médecins généralistes, la Garde médicale de Cayenne ainsi que sur les Centres Délocalisés de Prévention et de Soins (CDPS). L’ensemble des données sur les consultations pour syndrome grippal est transmis à Santé publique France Guyane qui en effectue l’analyse et l’interprétation. Une surveillance des passages aux urgences et d’hospitalisations pour grippe et syndrome grippal est également assurée via le réseau Oscour® (centres hospitaliers de Kourou et de Cayenne), et les cas graves de grippe admis dans le service de réanimation de Cayenne sont signalés à Santé publique France Guyane. Par ailleurs, la surveillance virologique complète la surveillance syndromique et est effectuée grâce à des prélèvements réalisés en médecine de ville et en CDPS (au minimum 2 prélèvements chaque semaine correspondant aux 2 premières personnes répondant à la définition de cas d’un syndrome grippal) ou au sein des centres hospitaliers du département. Les analyses sont ensuite réalisées par le laboratoire de virologie du centre hospitalier de Cayenne et par le CNR (Institut Pasteur de Guyane). Les résultats sont centralisés par Santé publique France Guyane qui réalise une rétro-information régulière de la situation de la grippe en Guyane auprès de ses partenaires via des points épidémiologiques.
A la Réunion, la surveillance de la grippe s’appuie sur un réseau de médecins sentinelles coordonné par Santé publique France Océan Indien. Cinquante médecins généralistes et deux pédiatres libéraux répartis sur l’île rapportent chaque semaine le nombre de consultations effectuées ainsi que le nombre de consultations pour syndrome grippal. L’estimation du nombre de cas est réalisée en extrapolant les données des médecins sentinelles aux données de remboursement des consultations transmises par la Caisse Générale de Sécurité Sociale (CGSS). En période épidémique, les médecins sentinelles sont amenés à effectuer un à deux prélèvements aléatoires par semaine sur des patients présentant un syndrome grippal. Les médecins sentinelles sont également incités à réaliser un à deux prélèvements naso-pharyngés par semaine chez les patients présentant un syndrome grippal depuis moins de 3 jours. En période inter-épidémique, les médecins sont également amenés à effectuer un à deux prélèvements par semaine s’ils rencontrent des syndromes grippaux répondant aux critères de prélèvement. Ces prélèvements ont lieu tout au long de l’année permettent de caractériser les virus circulant sur l’île. Les analyses virologiques (typage des souches par RT-PCR) sont réalisées par le laboratoire de virologie du Centre Hospito-Universitaire Nord de Saint-Denis (CHU-Nord) et le CNR (Sud).
A Mayotte, la surveillance est assurée depuis juin 2009 par un réseau d’une vingtaine de médecins sentinelles hospitaliers, libéraux et associatifs, civils ou militaires, répartis sur l’île qui rapportent le nombre hebdomadaire de patients consultant pour un syndrome grippal. Les médecins sentinelles sont également incités à réaliser un à deux prélèvements naso-pharyngés par semaine chez les patients présentant un syndrome grippal depuis moins de 3 jours. Les analyses virologiques (typage des souches par RT-PCR) sont réalisées toute l’année par le laboratoire de virologie du Centre hospitalier de Mayotte et le CNR (Sud). Les analyses des données épidémiologiques et virologiques sont assurées par la cellule régionale Océan Indien qui réalise une rétro-information auprès de ses partenaires via des points épidémiologiques.
Depuis la saison 2015-2016, chaque région définit sa propre période épidémique chaque semaine durant la saison hivernale en validant ou invalidant les propositions présentées par le Module d’Analyse des données SurSaUD® et Sentinelles (MASS) [1] développé par Santé publique France. Cet outil établit pour chaque région des seuils statistiques à partir des données historiques régionales de trois sources de données épidémiologiques (réseau Sentinelles, Oscour® et SOS Médecins) et selon trois méthodes de modélisation différentes. Les modèles utilisent une fenêtre glissante de 5 ans de données historiques. Les résultats sont représentés sous forme d’alarme. Chaque semaine, MASS classe les régions en 3 phases :
- phase sans alerte : <40% des alarmes activées
- phase pré (ou post) épidémique : ≥40% et <100% des alarmes activées
- phase épidémique : 100% des alarmes activées
Les cellules régionales de Santé publique France valident ou non cette analyse statistique, en prenant également en compte d’autres données de surveillance complémentaires, telles que les données virologiques. Cette synthèse est reprise sous forme de carte dans le bulletin hebdomadaire national.
[1] Pelat C, Bonmarin I, Ruello M, Fouillet A, Caserio-Schönemann C, Levy-Bruhl D, et al. Improving regional influenza surveillance through a combination of automated outbreak detection methods: the 2015/16 season in France. Euro Surveill Bull Eur Sur Mal Transm Eur Commun Dis Bull. 10 2017;22(32).
Surveillance syndromique : les décès toutes causes
Cette surveillance s’appuie sur les données d’état-civil (déclaration de décès), transmises à l’Institut National de la Statistique et des Etudes Economiques (Insee). Issues d’un échantillon de 3 000 communes, elles couvrent près de 80 % de la mortalité nationale. L’estimation du nombre de décès sur l’ensemble du territoire est donc établie en multipliant par 1,25 le nombre de décès observé dans cet échantillon de 3 000 communes. En revanche, ces données ne comportent pas d’information sur les causes médicales de décès. Elles permettent donc de détecter un excès de mortalité, mais pas de l’attribuer à un événement donné, même d’ampleur nationale.
Actuellement, l’Insee est la source la plus efficace pour la surveillance de la mortalité. On observe toutefois un délai pour la remontée du nombre des décès à partir de ce réseau, lié au délai légal de déclaration d’un décès à l’état-civil (24h en jours ouvrés) et au délai de saisie des informations par le bureau de l’état-civil. Ainsi, les décès survenus un jour J ne sont disponibles pour analyse qu’à partir de J+10 en moyenne. Pour tenir compte de ce délai, l’analyse de la mortalité d’une semaine complète ne peut donc être effectuée que deux semaines après le dernier jour de la semaine concernée. A deux semaines, on peut évaluer les tendances de la mortalité (hausse, stabilité, baisse) mais pas encore fournir une évaluation chiffrée fiable de cette tendance, car tous les décès n’ont pas encore été transmis. Dans le cadre d’un événement sanitaire de grande ampleur, sur la base des 10 ans d’expérience d’utilisation de ce système de surveillance, on estime qu’un délai minimum de trois semaines est nécessaire pour fournir une évaluation chiffrée fiable du nombre de décès survenu au cours de la période observée.
Surveillance spécifique : les décès directement imputables à la grippe
La surveillance spécifique de la mortalité liée à la grippe permet de :
- déterminer la gravité de l’épidémie par la proportion de décès parmi les cas graves d’une part et parmi les cas des foyers d’IRA d’autre part, proportions qui sont comparées à celles des années précédentes ;
- détecter un changement dans la distribution des caractéristiques épidémiologiques des personnes dont le décès est attribué à la grippe afin d’adapter au plus vite les mesures de contrôle.
La surveillance de la mortalité liée à la grippe repose sur :
- Un modèle statistique développé par Santé publique France utilisé depuis la saison 2016-2017, permettant d’estimer le nombre de décès directement et indirectement attribuables à la grippe au cours de la période épidémique, à partir des données de mortalité toutes causes, des données épidémiologiques et virologiques sur la circulation des virus grippaux et du virus respiratoire syncytial (VRS), ainsi que des données météorologiques (température et humidité). Ces données sont disponibles pour les groupes d’âge 0-64 ans, 65-74 ans et 75 ans et plus ;
- Le nombre de décès parmi les cas graves de grippe admis en réanimation ;
- Le nombre de décès parmi les cas groupés d’IRA en collectivités de personnes âgées
L’analyse des causes de décès faite par le CépiDc à partir des certificats manuscrits permet de suivre le nombre de décès directement attribués à la grippe mais le délai d’obtention (2 ans) de l’information ne permet pas de l’utiliser pour le suivi ou le bilan de l’épidémie. La certification électronique des causes médicales de décès, mise en place depuis 2007, permet d’analyser les causes de décès avec un délai plus court. La certification électronique représentait 10% des décès en 2015.
Interprétation de la mortalité toutes causes
C’est la différence, sur une période donnée, entre le nombre de décès attendus et le nombre de décès observés qui permet d’estimer l’éventuel impact d’un événement sanitaire. On parle alors d’« excès de mortalité ». Le nombre attendu de décès sur une période donnée est obtenu grâce à un modèle statistique, qui prend en compte les données historiques (sur 6 années), incluant la tendance générale et les fluctuations saisonnières. Lorsque le nombre observé de décès dépasse le seuil statistique défini par le modèle, on considère qu’il y a excès de mortalité. Il ne faut donc pas confondre la surmortalité attribuable à un événement, et le nombre total des décès survenus pendant la période au cours de laquelle cet évènement a eu lieu.
Par exemple, pour une semaine donnée, si le nombre de décès observé est de 1 000 alors que le nombre attendu de décès est de 700, l’excès de mortalité sera de 300, soit +43% par rapport au nombre attendu de décès (-> (300/700)x100). Par ailleurs, sachant que ces données sont calculées sur un échantillon ne couvrant que 80% de la mortalité en France, on peut estimer l’excès de mortalité à l’échelle nationale en multipliant par 1,25 (-> 300x1,25=375). Dans cet exemple, on annoncerait donc une surmortalité observée de 43%, avec 375 décès en excès. Or, l’excès de mortalité survenant pendant une épidémie de grippe n’est pas imputable à 100 % à la grippe. D’autres facteurs peuvent influencer la mortalité en hiver et intervenir dans l’explication de l’excès de mortalité (autres virus respiratoires saisonniers, températures, éventuels phénomènes intercurrents). Les travaux menés par Santé publique France indiquent, pour l’épidémie de grippe 2014-2015 en France métropolitaine, qu’environ trois quarts de l’excès de mortalité était lié à la grippe. Cependant, la part de la grippe dans l’excès de mortalité varie d’une année à l’autre.
L’objectif de la surveillance virologique est de détecter et d’isoler précocement les virus grippaux en circulation et d’en déterminer les caractéristiques antigéniques et de sensibilité aux antiviraux. La recherche du virus grippal est réalisée par détection directe, en utilisant des techniques de biologie moléculaire (Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction, RT-PCR) ou immunologiques (immunofluorescence, ELISA) et par mise en culture. La caractérisation virale (sous-typage pour le virus A, détermination du lignage pour le virus B et caractérisation antigénique) est effectuée en utilisant un test d’inhibition de l’hémagglutination. La recherche de mutations correspondant à des déterminants de l’antigénicité, de la sensibilité aux antiviraux, ou de la virulence est réalisée par séquençage sur plusieurs dizaines de souches pour chaque type, sous-type ou lignage des virus grippaux.
La surveillance virologique en France est coordonnée par le Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires qui comprend un laboratoire coordonnateur et deux laboratoires associés :
- l’Institut Pasteur de Paris (Nord) ;
- les Hospices Civils de Lyon (Sud, Océan Indien) ;
- l’Institut Pasteur de Guyane (Antilles-Guyane).
L’analyse virologique est réalisée :
- en ville : par le CNR (métropole) essentiellement et le laboratoire de virologie de l’Université de Corte (Corse) à partir des prélèvements rhino-pharyngés réalisés par les médecins généralistes et les pédiatres du réseau Sentinelles ;
- à l’hôpital : par le CNR et les laboratoires hospitaliers du réseau Rénal (Réseau national des laboratoires hospitaliers).
Santé publique France réalise une veille internationale afin de détecter et de caractériser les menaces sanitaires pouvant affecter la France. Cette veille repose essentiellement sur l’analyse d’informations recueillies à partir des outils spécifiques de veille internationale sur les sites institutionnels (OMS, ECDC). Cette veille concerne la grippe saisonnière, la grippe d’origine zoonotique (aviaire et porcine) et l’émergence de nouveaux virus grippaux.
Santé publique France est en charge de l’estimation de la couverture vaccinale des personnes à risque ciblées par les recommandations vaccinales françaises depuis la saison 2017-18. Les données de remboursement des vaccins antigrippaux du Système National des Données de Santé (SNDS) sont utilisées pour estimer cette couverture vaccinale.
Les données collectées à visée de surveillance sont analysées chaque semaine et sont synthétisées dans un bulletin épidémiologique national hebdomadaire qui paraît tous les mercredis durant la période de surveillance.
Dans chaque région, la cellule régionale de Santé publique France publie régulièrement des documents de rétro-information à destination des partenaires locaux et des membres des réseaux régionaux de santé publique. Ces documents sont disponibles dans l’onglet « publications » de la page dédiée à chaque région ou via la barre de recherche (« grippe ») du site de Santé publique France :
Depuis janvier 2012, l'étude de surveillance participative GrippeNet.fr est coordonnée par le Réseau Sentinelles. Ce projet européen de surveillance et de recherche a pour objectif de recueillir directement auprès de la population des données épidémiologiques sur les syndromes grippaux, par Internet et de façon anonyme.
Contrairement aux méthodes de surveillance traditionnelles, GrippeNet.fr collecte ses données directement à partir de la population résidant en France, sans passer par des hôpitaux ou des médecins.
