Santé publique France est l’agence nationale de santé publique française. Etablissement public de l’Etat sous tutelle du ministre chargé de la santé créé par l’ordonnance 2016-246 du 15 avril 2016, elle intervient au service de la santé des populations. Agence scientifique et d’expertise du champ sanitaire, elle a pour missions :
- L'observation épidémiologique et la surveillance de l'état de santé des populations ;
- La veille sur les risques sanitaires menaçant les populations ;
- La promotion de la santé et la réduction des risques pour la santé ;
- Le développement de la prévention et de l'éducation pour la santé ;
- La préparation et la réponse aux menaces, alertes et crises sanitaires ;
- Le lancement de l'alerte sanitaire.
L’agence est organisée autour de directions scientifiques et transversales et de directions assurant le support et le soutien à l’activité.
Son programme de travail, arrêté par son Conseil d’administration, s’articule autour de cinq axes prioritaires : les déterminants de santé, les populations, les pathologies, les interventions et les territoires, et les infrastructures.
Direction Appui, Traitements et Analyses de données (DATA) - Unité Applications, big data et surveillance syndromique (ABISS)
Sujet du stage
Santé publique France coordonne la surveillance renforcée du chikungunya, de la dengue et du Zika (arboviroses) dans les départements français de l’hexagone et d’outre-mer. Par ailleurs, le contexte actuel du changement climatique s’accompagne d’une augmentation du nombre de cas autochtones en France hexagonale, gagnant des territoires jusque-là épargnés. Le traitement géographique des cas d’arboviroses dans certains territoires est aujourd’hui essentiellement réalisé à la main. Or, le volet géographique est essentiel au suivi de l’épidémie (localisation des cas, détermination de clusters éventuels, dimensionnement et accompagnement de la mise en place des enquêtes sur le terrain, etc.).
La mise en place d’un SIG dédié a été initiée pour le traitement des clusters de Dengue pour la cellule Guyane, mais nécessite un soutien plus important afin de répondre au besoin des équipes. De plus, il apparaît qu’avec l’augmentation des cas autochtones, les équipes en région seront de plus en plus amenées à être confrontées à ces situations et à la mise en place dans des délais très courts d’enquêtes très localisées. Cet outil vise à simplifier et automatiser les traitements dans le SIG, tels que :
- La connexion à la base de données.
- Le géocodage des cas.
- La détermination des clusters par des critères spatiaux et temporels.
- L’actualisation de la base des cas.
- La création de zones tampons (ou buffer) autour des sujets pour la délimitation de zones d’enquêtes porte à porte,
- La cartographie de la zone d’enquête et de son environnement proche.
- L’estimation de la population présente à l’aide de données à échelle fine pour la mise en place de l’enquête dans des périmètres très peu étendus.
- L’investigation de données environnementales d’intérêt si besoin.
- Et toute autre fonctionnalité qui pourrait apparaître intéressante pour l’investigation de ce type de situation, et qui émergerait dans les échanges avec les utilisateurs potentiels en région.
Pour ce faire, le développement d’un outil SIG type boite à outils (Toolbox QGIS via PyQGIS) ou RShiny qui encapsulerait tous ces traitements est souhaité. Elle réunirait l’ensemble des fonctionnalités SIG simples nécessaires aux épidémiologistes non familiers des données et des traitements géographiques, afin de simplifier l’accès aux données et aux traitements géographiques nécessaires pour l’investigation de ces situations, et les rendre autonomes.
Missions du stage
En lien avec l’équipe géomatique de la DATA, le stagiaire aura pour mission de :
- Identifier la solution la plus appropriée pour développer l’outil ainsi que l’ensemble des fonctionnalités à implémenter et à maintenir à jour pour répondre au besoin des épidémiologistes en régions. Cette étape sera réalisée en lien avec la cellule régionale de Guyane, mais pourra être aussi être envisagée après échanges avec d’autres cellules régionales de Santé publique France récemment confrontées à ce sujet.
- Développer l’outil SIG type boite à outils (Toolbox QGIS via PyQGIS) ou RShiny qui permettra de géolocaliser, identifier et investiguer des clusters de cas de Dengue (ou autre maladie vectorielle), en implémentant les fonctionnalités inventoriées dans un premier temps.
- Accompagner cet outil d’une documentation pour en permettre l’usage par un utilisateur non familier de la donnée géographique. La maintenance, l’enrichissement et la reproductibilité devra également être explicité dans le document pour permettre des mises en pratiques similaires par les géomaticiens. Pour ce faire, l’utilisation de github / gitlab serait appréciée.
Activités du stage
- Appropriation du sujet et échanges avec le métier (les épidémiologistes en région) pour définir le besoin Benchmarking des différentes solutions disponibles pour développer l’outil Production d’une première maquette ou d’un logigramme méthodologique.
- Développement de l’outil.
- Rédaction de la documentation de l’outil (github souhaité).
