Les premiers cas d’infection par Omicron en France présentent des symptômes bénins, Novembre 2021-Janvier 2022.

Il est avant tout important de préciser le contexte au moment de l'enquête. Le variant Delta était encore le variant dominant sur le territoire. Nous pouvions voir que les cas d’Omicron augmentaient dans d'autres pays, et avions commencé à détecter les premiers cas sur le sol français.

Si les données disponibles dans les bases de données de tests (SI-DEP), d’hospitalisations (SI-VIC) et de vaccination (VAC-SI) sont très riches d’informations pour le suivi de l’épidémie, elles demeurent assez limitées en ce qui concerne les caractéristiques des cas du fait notamment de leurs difficultés à être appariées en temps réel et de l’absence d’éléments cliniques. En lien avec les cellules régionales (CR) de Santé publique France, nous avons rapidement décidé de collecter des informations détaillées, non disponibles dans ces bases de données, sur les premiers cas. Notre objectif était de caractériser le variant Omicron afin d’être en mesure d’anticiper son impact potentiel sur la population et le système de santé. 

Il s'agissait de recueillir toutes ces informations en un temps très court dans le contexte difficile de la pandémie et de l'augmentation rapide du nombre de cas. La connaissance du variant était accessible grâce au séquençage de cas confirmés par le consortium EMERGEN (voir Encadré). Chaque personne correspondant à un cas confirmé d’Omicron a été contactée par les épidémiologistes des cellules régionales de SpFrance, pour répondre à un questionnaire standardisé. Parmi les informations collectées, citons les antécédents de voyage, les symptômes cliniques, les comorbidités, les infections antérieures par le SARS-CoV-2 et le statut vaccinal. Sur la période d’étude (23/11/21 au 11/01/22), 468 cas d’Omicron répartis sur la quasi-totalité du territoire (17 des 18 régions) ont ainsi été investigués.

Notre investigation sur ces 468 premiers cas Omicron en France a montré que, si la majorité (89%) des cas étaient symptomatiques, les symptômes étaient dans la grande majorité des cas bénins. La perte de l'odorat et du goût, symptôme très fréquent lors des infections par d’autres variants, n'a été que rarement signalée (respectivement 8,3 et 9%). Il s'agit d'un élément important car c'était, jusqu’à présent, un des principaux symptômes permettant de suspecter de manière spécifique une infection à SARS-CoV-2. Parmi les cas investigués, seuls sept (2%) ont été hospitalisés, aucun n'a été admis en soins intensifs ou n'est décédé. Nous devons cependant rester prudents dans l'interprétation des résultats, car notre étude a porté sur une population de sujets assez jeunes (âge médian :  35 ans) et une majorité (64% des cas) étaient vaccinés avec deux doses, ce qui confère également une certaine protection contre les formes sévères de la maladie.

Depuis notre étude, plusieurs publications montrent qu'Omicron semble avoir un impact réduit sur le système de santé par rapport à Delta. Ainsi, une étude publiée récemment par Santé publique France comparant la sévérité respective de ces deux variants a montré que le risque de connaître un évènement hospitalier grave était moins élevé pour les personnes infectées par Omicron que pour celles du même âge infectées par Delta. Cependant, cette différence entre les variants s’atténuait avec l’âge. Ainsi, ce risque était divisé par 9,1 chez les personnes de 40 à 64 ans infectées par Omicron, par 5,3 chez celles de 65 à 80 ans et seulement par 2,0 chez les 80 ans et plus (3). 

Lorsqu'un nouveau variant tel qu'Omicron apparaît, la détection et la caractérisation rapides des cas sont essentielles.

Cela permet de savoir si le nouveau variant provoque des symptômes plus sévères ou différents des précédents, davantage de cas hospitalisés ou de décès. La question de l’efficacité des vaccins actuels vis-à-vis de souches émergentes est également cruciale.  Toutes ces informations sont indispensables pour les prises de décisions en termes de capacité et d’organisation des soins, de stratégie de dépistage et de mesures de contrôle. 
Le système de santé publique français, incluant les laboratoires de dépistage et ceux de surveillance génomique réunis au sein du consortium EMERGEN (voir Encadré), et les autorités locales, régionales et nationales, ont montré leur capacité à réagir et à s'adapter rapidement à l'émergence d'un nouveau variant. Depuis le 18/02/2022, un recombinant Delta/Omicron (auquel aucun nom de lignage n’a encore été assigné) fait l’objet d’un suivi renforcé par les laboratoires du consortium. La majorité de son génome correspond au variant Delta (sous-lignage AY.4), mais une large portion du gène S (codant pour la protéine Spike) correspond au variant Omicron (sous-lignage BA.1). Au 08/03, 27 séquences de ce recombinant, qui circule à des niveaux faibles depuis plusieurs semaines, avaient été détectées en France. À ce jour, très peu de données sont disponibles sur ses caractéristiques, et des investigations sont en cours.