La crise du Covid-19 en France a nécessité de mettre en place rapidement un système de surveillance génomique à l'échelle nationale et régionale afin d'évaluer son impact en santé publique : le consortium EMERGEN (consortium de surveillance et de recherche sur les infections de pathogènes EMERgents via la GENomique microbienne). Les activités de Santé publique France concernant ce consortium ont été financées par différentes sources, dont le projet SEQ4EPI (Sequencing pathogens for epidemiology). Fort de l'expérience avec le SARS-CoV-2, le consortium EMERGEN a permis de bâtir une infrastructure robuste de séquençage, intégrant une base de données génomique nationale (EMERGEN-DB), des outils bioinformatiques, et un réseau de laboratoires de séquençage. Initialement focalisé sur le suivi des variants du SARS-CoV-2, ce modèle prouve en 2024 sa capacité à s'adapter à d'autres agents pathogènes, notamment le virus monkeypox (Mpox) et l'influenza zoonotique. Ce document explore les stratégies de surveillance génomique des pathogènes émergents, en tirant parti des leçons apprises lors de la pandémie de COVID-19. Il propose un cadre méthodologique pour étendre ces outils à d'autres pathogènes prioritaires, en intégrant une approche " One Health " pour coordonner la santé humaine, animale et environnementale. Ce mémento synthétise les enjeux critiques : élaboration d'outils décisionnels pour les professionnels de santé publique, structuration des collaborations interdisciplinaires, et développement d'approches standardisées pour répondre rapidement aux urgences sanitaires. En se basant sur des scénarios réels, il propose une méthodologie adaptable à toute émergence. En conclusion, ce document souligne l'importance d'une coordination étroite entre épidémiologistes, microbiologistes et acteurs internationaux pour anticiper les menaces sanitaires globales. Il offre un guide pratique pour intégrer la génomique dans la surveillance de pathogènes émergents, tout en garantissant un équilibre entre efficacité opérationnelle et le respect des règles européennes concernant la protection de données.
Auteur : da Cruz Héléna, Grellet Sophie, Jambois Inès, Lamy Anaïs, Thomas Nathalie
Année de publication
: 2025
Pages : 21 p.
