EPIBAC

Organisation de la surveillance

Les partenaires de la surveillance

En 2023, les biologistes des laboratoires de bactériologie des centres hospitaliers suivants ont participé au réseau Epibac :

• Liste des correspondants

Le réseau des laboratoires hospitaliers

Le réseau de laboratoires de microbiologie a été créé en 1982 et recueille des données informatisées et individuelles depuis 1991. La participation repose sur le volontariat et seuls les laboratoires, ayant fourni les données durant les douze mois de l’année, sont considérés comme participant au réseau Epibac. La mise à jour continue du fichier Epibac tient compte des regroupements de laboratoires entre établissements ou à l’intérieur d’une même entité juridique. Depuis 2010, le réseau Epibac a été étendu aux départements et régions d’outre-mer (DROM).

La constitution de la base nationale

En France hexagonale, aux établissements hospitaliers universitaires et non universitaires sont ajoutés tous les établissements susceptibles de prendre en charge les patients atteints des pathologies surveillées par Epibac. Ce sont les établissements privés réalisant une activité annuelle d’au moins 5 000 admissions en médecine de court séjour ou exerçant une activité de pédiatrie.

Dans les DROM, la base d’extrapolation a été constituée, pour chacun des départements, de tous les établissements de santé accueillant des patients atteints des pathologies surveillées par Epibac quel que soit leur statut et leur volume d’activité.

La définition de cas pour la surveillance Epibac

Les infections invasives ont été définies par un isolement d’une bactérie et / ou une PCR positive* dans le sang pour la bactériémie et / ou dans le liquide cérébro-spinal (LCS) pour la méningite. Les bactéries étudiées sont : Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis*, Listeria monocytogenes, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes (streptocoque du groupe A) et Streptococcus agalactiae (streptocoque du groupe B). La présence des antigènes solubles, non associée à un prélèvement bactérien positif par culture ou PCR, n’est pas retenue.

^{* La méthode de détection par PCR est retenue dans la définition de cas à partir de 2009.}

Le recueil de données

De 1982 à 1990, les données recueillies concernaient toutes les bactéries isolées dans le sang ou le LCS et étaient relevées sur deux fiches : une pour les hémocultures positives et une pour les LCS positifs.

A partir de 1991, le recueil s’est effectué sur une seule fiche ce qui a permis de distinguer les bactériémies isolées (infection avec isolement dans le sang sans isolement associé dans le LCS).

Un recueil semestriel ou annuel est réalisé par le laboratoire et adressé à Santé publique France. Pour chaque isolement, sont recueillis : le site et la date de prélèvement, la méthode de détection de la souche, la date de naissance et le sexe du patient, le sérogroupe si approprié, le nom et adresse du laboratoire de microbiologie qui fournit les données, il peut s’agir du laboratoire préleveur ou de celui qui réalise les analyses selon leur organisation. Un dédoublonnage des cas est réalisé sur les variables suivantes : le site et la date de prélèvement, la date de naissance et le sexe du patient, la bactérie isolée et le département du laboratoire.

Méthode d’estimation de l’incidence nationale

La couverture du réseau Epibac

Jusqu’en 2021, dans les bulletins de santé publique Epibac, la couverture du réseau était annuellement calculée en rapportant le nombre d’admissions en médecine des établissements dont la microbiologie est assurée par les laboratoires d’Epibac ayant participé douze mois au nombre total d’admissions en médecine au niveau national issues de l’enquête Statistique Annuelle des Etablissements de santé publics et privés (SAE) réalisée par la Direction de la Recherche, des Etudes de l’Evaluation et des Statistiques (Drees).

La méthode de calcul de la couverture du réseau est à présent basée sur les données du Programme de Médicalisation des Systèmes d’Information (PMSI) qui permet d’avoir des informations à l’échelle de la région et de l’établissement.  Les séjours hospitaliers en lien avec une pathologie répondant à la définition de cas Epibac ont été sélectionnés sur la base des codes diagnostics renseignés dans le PMSI (codes CIM-10 ou association de codes CIM-10 identifiant chacune des infections invasives surveillées par ce réseau). Depuis 2013, dans la base de données du PMSI, les établissements de soins sont renseignés par site géographique et non plus uniquement par entité juridique. Les taux de couverture du réseau ont été calculées annuellement à partir de 2013. Pour les années antérieures à 2013, un facteur de correction moyen équivalent à celui des années allant de 2013 à 2019 a été appliqué à la couverture du réseau. Au niveau national, la couverture du réseau est calculée en rapportant le nombre de séjours répondant à la définition de cas Epibac des établissements de santé dont les diagnostics microbiologiques sont assurés par les laboratoires d’Epibac ayant participé douze mois au nombre total de ces séjours en France par classe d’âge et par étiologie bactérienne.

L'exhaustivité du réseau

L'exhaustivité du réseau correspond au taux d’exhaustivité de la déclaration des cas au sein du réseau Epibac, c'est-à-dire par les laboratoires participants. Elle a été estimée à travers plusieurs études qui ont permis de mesurer au sein du réseau Epibac la sous-notification des cas pour la France hexagonale.

Le taux d’exhaustivité des données fournies par les laboratoires participants a été estimé à partir de 2002 et variait entre 74 et 89 % selon les années et les bactéries étudiées. Le taux d’exhaustivité appliqué est de 80%. Ce taux est également appliqué dans les DROM sans qu’une mesure spécifique ait été réalisée. Les analyses de tendance sont présentées depuis 2003, permettant de prendre en compte le taux d’exhaustivité dans l’ensemble de ces analyses.

L'estimation au niveau national

Le nombre de cas est estimé en redressant le nombre de cas recueillis par le réseau par la couverture du réseau et par le défaut d’exhaustivité (sous-notification) au sein du réseau Epibac.

L'incidence

L'incidence globale et par classe d’âge est calculée, annuellement, en rapportant le nombre estimé de cas par pathologie au nombre de personnes résidant en France hexagonale pour l’année concernée (source : Insee**).

^{**A partir de 2006, les projections de population de l’Insee utilisées jusqu’alors ont été remplacées par les estimations localisées de population (ELP). Les tableaux comparatifs pour les années antérieures depuis 1991 ont été corrigés.}