Bilan des cas de légionellose survenus en France en 2018

Nombre de cas notifiés et incidence

En 2018, 2 133 cas de légionellose ont été notifiés en France par le système de déclaration obligatoire. Parmi eux, 20 cas étaient des résidents des DOM (15 à la Réunion, 3 cas en Guadeloupe, 1 en Martinique et Guyane) et 26 étaient des ressortissants étrangers diagnostiqués en France. Le taux d’incidence des cas notifiés de légionellose en France métropolitaine était de 3,2/100 000 habitants.
Le nombre de cas de légionellose notifiés en 2018 était très nettement supérieur à celui de 2017 (+31%), année au cours de laquelle 1 630 cas avaient été notifiés (incidence de 2,4/100 000 habitants) (figure1). La tendance à l’augmentation constatée en 2017 s’est poursuivie en 2018 avec un nombre de cas record depuis la mise en place de la surveillance en 1988.

Le gradient géographique Ouest-Est du taux d’incidence des cas notifiés de légionellose était marqué, comme observé les années précédentes et l’incidence variait de 0,9 /100 000 habitants en Bretagne à 4,9/100 000habitants en Auvergne-Rhône-Alpes (Figure 2).Le taux d’incidence des cas notifiés à la Réunion est de 1,7/100 000, en Guadeloupe de 0,8/100 000 habitants et de 0,3 en Martinique et Guyane.

Le nombre de cas mensuel a été supérieur à la moyenne mensuelle des cas notifiés de 2010 à 2016 et supérieur à celui observé en 2017 lors du 1^er semestre ainsi qu’en novembre et décembre. Cette augmentation a été particulièrement importante en juin, avec 21% des cas de l’année 2018 notifiés en 3 semaines (semaines 23-24-25) (figure 3). L’augmentation a été observée dans quasiment toutes les régions métropolitaines, exceptée la Bretagne et a été très marquée en Île-de-France, Auvergne-Rhône-Alpes, et dans une moindre mesure en Centre-Val de Loire, Nouvelle-Aquitaine, Pays-de-la-Loire et Provence-Alpes-Côte-D’azur.

Caractéristiques des cas

L'âge médian des cas était de 64 ans [min-max : 15-100 ans] et le sexe ratio homme/femme était de 2,7 (1 551 hommes et 582 femmes). L’incidence augmentait avec l’âge et les taux d’incidence les plus élevés ont été observés chez les personnes de plus de 80 ans (10,4 / 100 000) (figure 4). Seuls 34 cas (sur  2133 cas, 1,6%) n’ont pas été hospitalisés.

Sur les 2 133 cas, 73% présentaient au moins un facteur de risque connu (tableau 1). Pour 34% des cas, le tabagisme était le seul facteur de risque (10% avaient un autre facteur en plus).

Tableau 1. Fréquence des facteurs favorisants des cas de légionellose notifiés en France, 2016-2018

*non mutuellement exclusifs

L’évolution de la maladie était connue pour 97% des cas (2 075/ 2 133) et la létalité (167 décès) était comparable à celle observée en 2017 (8.0% versus 8.9%).
Le délai médian entre la date des premiers signes cliniques et la date de notification à l’Agence Régionale de Santé (ARS) était de 6 jours (intervalle interquartile [4 - 8]) ; 84% des cas étaient notifiés dans les 10 jours suivant l’apparition de leurs premiers signes cliniques et 95% dans les 20 jours. Ces indicateurs annuels sont stables depuis 2010.

Informations microbiologiques

Parmi les 2 133 cas, 2 094 (98%) étaient des cas confirmés et la détection des antigènes solubles urinaires était la principale méthode diagnostique utilisée (2 048 cas, 96%). Une amplification génomique (par Polymerase Chain Reaction -PCR) était positive pour 169 cas (8%) et pour 39 (1,8%) d’entre eux, la PCR était l’unique méthode de diagnostic biologique. La proportion de cas diagnostiqués par PCR n’a pas augmenté ces dernières années (31 cas, 1,9% en 2017). Quelques cas avaient été uniquement diagnostiqués par culture (13 cas) ou par sérologie (8 cas) (Figure 5).
La majorité des cas de légionellose était due à l’espèce Legionella pneumophila de sérogroupe 1 (Lp1) (2 065/2 133).

Pour 22,9% des cas (n=489) une souche a été isolée, ce pourcentage était comparable à celui de 2017 (23,1%). La majorité (478/489, 98%) des souches isolées était de l’espèce Legionella pneumophila, dont 456 du sérogroupe Lp1 et 22 d’autres sérogroupes. Toutes ces souches ont été analysées par différentes méthodes moléculaires suivant le contexte (Sequence Based-typing ou séquençage du génome complet (WGS)) au Centre national de référence des légionelles.
Parmi les 482 cas pour lesquels un sequence-type (ST) était disponible, 59% étaient associés à 11 ST: ST1, ST9, ST20, T23, ST47, ST62, ST146, ST259, ST224 et ST70; les plus représentés étaient le ST23 (76 cas, soit 16%), le ST1 (37 cas, soit 8%) et le ST47 (35 cas soit 7%). A noter qu’en l’absence d’isolement de souche, un ST complet a pu être réalisé directement sur prélèvement respiratoire pour 4 cas (10 cas en 2017).
Pour 62 cas (13%), la souche d’origine humaine a pu être comparée aux souches environnementales isolées d’un ou plusieurs lieu(x) fréquenté(s) par le malade, et pour 43 des 63 (68%) comparaisons (1 cas avec 2 comparaisons), les ST des souches cliniques et environnementales se sont révélés identiques. Parmi ces cas, les investigations environnementales et microbiologiques ont permis de préciser que les réseaux d’eau sanitaire étaient la source la plus probable de contamination dans 12 établissements de santé, 11 domiciles, 5 établissements de tourisme, 4 maisons de retraite et 11 autres établissements (piscine, stade…). A noter que les résultats des 10 comparaisons impliquant les tours aéroréfrigérantes ont révélé des ST de souches cliniques et environnementales différents.

Expositions à risque

Une exposition à risque lors de la période d’incubation (2-10 jours) était rapportée pour 724 cas, proportion inférieure à celle de 2017 (34% versus 39%, p<0.002) (Tableau 2). La part des cas qui avaient séjourné dans un établissement hospitalier pendant la période d’incubation en 2018 était inférieure à 2017 (5% versus 7%, p=0.01). Parmi ces derniers cas, 54% (60/111) étaient classés comme certainement liés au séjour hospitalier (avaient séjourné durant toute la période supposée d’exposition). Le mode d’exposition le plus fréquemment rapporté était la notion de voyage (387 cas, soit 18%). Parmi ces cas, 273 cas correspond aux critères de notification du réseau européen des cas liés au voyage ELDSNet (European Legionnaires’ disease surveillance network) ont été notifiés au niveau européen: la majorité (78%) d’entre eux avait séjourné dans des hôtels ou des campings, 22% avaient séjourné dans des gîtes, des maisons d’hôtes ou des locations disponibles par internet. Sur les 387 cas pour lesquels une notion de voyage a été rapportée, la plupart avait voyagé en France (248/387, soit 65%) et 18% en Europe. Dans la catégorie «autres expositions», 10 patients utilisaient un appareil à pression positive continue pour apnée du sommeil (8 cas en 2017).

Tableau 2. Expositions à risque parmi les cas de légionellose survenus en France, 2016-2018

* Rapportés au nombre total de cas
^a Location, chambre d’hôte, gîte, maison secondaire, logement chez amis ou famille,
^b Sans précision de lieu et type de logement
^c Etablissement recevant du public (piscine, stade …), exposition professionnelle, appareil pour apnées du sommeil, etc...

En 2018, le réseau européen ELDSNet a signalé à Santé publique France, 62 cas supplémentaires à ceux notifiés via la déclaration obligatoire. Il s’agissait de cas survenus chez des ressortissants étrangers ayant séjourné dans un établissement de tourisme en France dans les 10 jours précédant la date de début des signes et diagnostiqués dans un pays étranger.
Au total, de par les notifications des cas français et étrangers, 248 établissements français ont été notifiés par ELDSNet (234 en 2017), 219 pour des cas isolés et 29 pour des cas groupés (définis par ELDSNet comme au moins deux cas ayant séjourné dans un même établissement sur une période de deux ans). Dans ces 29 établissements, la réalisation d’une investigation avec prélèvements d’eau du réseau d’eau sanitaire a permis de révéler la présence de légionnelles au-dessus du seuil règlementaire pour 43%(12/28) d’entre eux.
En 2018, plusieurs investigations de cas regroupés dans le temps et dans l’espace ont été réalisées par les ARS en collaboration avec les cellules régionales de Santé publique France mais elles n’ont pas permis d’identifier des sources communes de contamination. Parmi les 6 investigations qui ont fait l’objet d’une information des autorités sanitaires nationales : une investigation concernait des cas récurrents, depuis 2013, liés à un séjour dans un centre hospitalier alsacien, une impliquait 4 cas communautaires dans une commune ardéchoise et 4 relevaient d’une augmentation inhabituelle de cas : une concernait 8 cas survenus entre janvier et avril à l’île de la Réunion et les 3 autres durant le pic en juin en Auvergne-Rhône-Alpes (2 situations indépendantes) et en Ile-de-France.
Durant le pic de notification observé en juin 2018 (semaines 23 à 25) au cours duquel 21% (n=441) des cas annuels ont été notifiés, les caractéristiques des cas étaient différentes de celles habituellement décrites. En comparaison avec les autres cas survenus hors pic en 2018, l’analyse multivariée a montré que les cas du pic étaient plus souvent des hommes (83% versus 70%, p< 0.001), ils étaient plus jeunes (moyenne d’âge de 60 ans versus 65 ans, p=0.002) avec davantage de facteurs de risque, principalement le tabagisme seul (48% versus 31%, p=0.001) et le plus souvent ils étaient des cas communautaires sans exposition particulière (74% versus 64%, p=0.002). Cette augmentation de cas a été constatée dans la majorité des régions. Les régions principalement touchées étaient l’Auvergne-Rhône-Alpes et l’Île-de-France, où plusieurs regroupements de cas ont été investigués sans identifier de lien commun entre les cas (souches cliniques différentes et aucune source commune de contamination).

Discussion - conclusion

En 2018, le nombre de cas de légionellose notifiés à Santé publique France était très largement supérieur à celui de 2017 (+31%) et beaucoup plus élevé que celui de 2016 (+75%). Le taux d’incidence des cas notifiés en France métropolitaine (3,2/100 00) était à un niveau jamais atteint ; les taux les plus élevés étaient ceux de 2005 avec 2.5/100 000 et de 2017 avec 2.4/100 000 habitants. Ce taux est nettement supérieur au taux de notification européen qui était de 2,2/100 000 en 2018. Cependant 6 pays européens ont un taux de notification supérieur à celui de la France dont la Slovénie (7,7/100 000) qui a le taux le plus élevé, l’Italie qui a enregistrés le plus de cas (2962 cas : 4,9/100 000) et l’Espagne avec 1513 cas (3,3/100 000) [2]. L’augmentation en France est principalement due à la recrudescence de cas observés en juin au cours de laquelle 21% des cas de 2018 sont survenus. Cette augmentation ponctuelle de cas a été observée en 2018 uniquement en France. Durant cette période, aucun changement dans les pratiques de tests de diagnostic n’a été constaté et les résultats des confirmations de diagnostic par le CNR n’ont pas détecté de modifications des caractéristiques des tests (sensibilité, spécificité). Aucune prédominance d’un type de souches particulier n’a été identifiée durant le pic. Aucun nouveau type d’installations ou de pratiques industrielles pouvant être l’origine de diffusion d’aérosols d’eau contaminée n’a été identifié.
Une des hypothèses pour expliquer cette augmentation serait l’influence des facteurs météorologiques sur la survenue des cas de légionellose, notamment la température, les précipitations et l’humidité qui semblent être, selon les différentes études réalisées ces dernières années, des variables-clés dans la survie et la dispersion des légionelles dans l’environnement. L’étude multifactorielle menée par Santé publique France sur les données françaises entre 2008 et 2015, intégrant les facteurs météorologiques, a montré que l’humidité et la température sont liées à la survenue des cas de légionellose mais n’expliquent pas le gradient du taux de notification Ouest-Est constaté depuis de nombreuses années en France [3]. Des travaux similaires portant sur les données 2008-2018 sont actuellement en cours afin de documenter l’éventuelle influence des facteurs météorologiques dans l’augmentation de cas constatée en juin 2018.
L’analyse des caractéristiques de l’ensemble des cas de légionellose survenus en 2018 montre des résultats comparables à ceux des années précédentes : la majorité des cas présente des facteurs de risques connus, que ce soit l’âge ou un facteur prédisposant à la légionellose. Aucun cas chez un enfant âgé de moins de 15 ans n’a été notifié au niveau national depuis 2015. La part des cas pour laquelle une exposition à risque était documentée est inférieure à celle de 2017. Cette observation est probablement la conséquence des caractéristiques des cas survenus en juin 2018 qui ne rapportaient pas, pour la majorité d’entre eux, d’exposition spécifique. Toutefois, la part des expositions concernant les voyages demeure comparable aux années précédentes.
Le pourcentage des souches isolées depuis 2011 est stable et la part des diagnostics par PCR ne progresse pas ces dernières années. Il est important de promouvoir le diagnostic par PCR qui permet d’identifier les cas de légionellose qui ne sont pas dus au sérogroupe Lp1 et qui ne sont donc pas détectés par les tests antigènes urinaires, très majoritairement utilisés actuellement pour le diagnostic de la légionellose.

Les résultats de comparaison entre les souches cliniques et environnementales ont montré que les sources de contamination des cas investigués étaient les réseaux d’eau d’établissements recevant du public et les réseaux d’eau de domicile. Des études complémentaires pourraient être développées afin d’explorer la part potentielle des contaminations à domicile dans les sources de contamination des cas, notamment pour les cas sporadiques qui représentent la majorité des cas.

L’ensemble des investigations des cas groupés qui ont été diligentées n’ont pas permis d’identifier de source commune de contamination. Lors du pic de juin 2018, les ST des cas se sont avérés différents au sein de chaque investigation de cas groupés. Ces arguments sont en faveur de cas sporadiques survenant de façon concomitante. Quoiqu’il en soit, toutes les suspicions de cas groupés doivent être investiguées méthodiquement et sans délai afin d’identifier toute éventuelle source de contamination qui pourrait être à l’origine de plusieurs cas. Il est donc indispensable de maintenir la réactivité de l’ensemble des partenaires locaux pour effectuer le plus rapidement possible ces investigations et poursuivre la promotion de la réalisation systématique de prélèvements respiratoires, afin de disposer de souches permettant la documentation des cas groupés et par comparaison avec les souches environnementales, d’identifier les sources probables de contamination.