En semaine 22 (du 31 mai au 06 juin 2021), la circulation du SARS-CoV-2 sur l’ensemble du territoire diminue de façon marquée et la pression hospitalière est en baisse. Après plusieurs mois d’excès de mortalité, le nombre de décès toutes causes confondues est revenu dans les valeurs attendues. Récemment accessible à l’ensemble des personnes âgées de 18 ans et plus, la vaccination des jeunes adultes progresse fortement (plus de 27% des 18-24 ans ayant reçu leur première dose au 8 juin 2021). En revanche, la couverture vaccinale, bien qu’élevée chez les plus âgés, peine à progresser, ce qui nécessite des actions ciblées pour encourager et faciliter la vaccination des ainés non encore vaccinés. Dans le contexte de l’allègement des mesures de restrictions sanitaires et de la circulation de variants préoccupants, l’isolement des personnes dès l’apparition de symptômes ou en cas de contact avec un cas confirmé, le contact tracing, la vaccination avec schéma complet et les autres mesures de préventions individuelles doivent continuer d’être fortement promues et appliquées pour maintenir dans la durée la tendance favorable actuelle.
Forte diminution du taux d’incidence dans toutes les classes d’âge
Au niveau national, 45 547 nouveaux cas ont été confirmés en semaine 22, soit environ 6 500 cas en moyenne chaque jour. Le taux d’incidence était en forte diminution par rapport à celui de la semaine 21 (corrigé pour l’effet du lundi 24 mai férié) à 68/100 000 habitants (-38%), cette diminution étant observée dans toutes les classes d’âge. Le taux de dépistage diminuait (2 988/100 000 habitants, -15% par rapport au taux corrigé de S21). Le taux de positivité était toujours en diminution à 2,3%, soit -0,8 point par rapport à S21.
La baisse se poursuit en milieu hospitalier
La diminution du nombre de nouvelles hospitalisations de patients COVID-19 et de nouvelles admissions en services de soins critiques, observée depuis la semaine 15, s’est poursuivie en semaine 22 (-12% et -22% par rapport à S21, respectivement) même si les effectifs étaient encore élevés. Le nombre de patients COVID-19 en cours d’hospitalisation diminuait toujours au 08 juin 2021 (14 043, dont 2 407 en services de soins critiques).
Par ailleurs, le nombre de décès toutes causes et tous âges confondus était dans les marges de fluctuation habituelle en semaines 20 et 21 après près de huit mois d’excès de mortalité à l’échelle nationale. Les décès de patients COVID-19 hospitalisés diminuaient toujours en semaine 22 (-23%) et restaient à un niveau très faible dans les établissements sociaux et médico-sociaux (ESMS).
Le variant Alpha toujours majoritaire, le variant Delta incite à la plus grande vigilance
La proportion de suspicions du variant préoccupant 20I/501Y.V1 (Alpha, ayant émergé au Royaume-Uni) est toujours prédominante et représente 74,6%, d’après l’analyse des résultats de criblage en semaine 22. La proportion de suspicions de variant 20H/501Y.V2 (Beta, ayant émergé en Afrique du Sud) ou 20J/501Y.V3 (Gamma, ayant émergé au Brésil) était de 6,3% au niveau national avec des hétérogénéités départementales.
Les données de surveillance génomique disponibles confirment cette prépondérance du variant préoccupant Alpha (20I/501Y.V1). Lors de l’enquête Flash#10 (le 25 mai 2021), on observait une légère diminution de la part de variants portant les mutations E484K ou E484Q à 10,8% (13,0% lors de l’enquête Flash #9 vs 11% dans Flash #8 et 8,7% dans Flash #7). Malgré une augmentation récente de la détection du variant VOC 21A/478K (B.1.617.2, Delta, ayant émergé en Inde) dans les prélèvements séquencés, aucun élément n’indique à ce jour une circulation importante de ce lignage sur le territoire.
Cependant l’apparition de clusters avec transmission autochtone de ce variant indique qu’une telle transmission a commencé en France ce qui doit conduire à la plus grande vigilance, compte-tenu de son lien avec un possible échappement vaccinal et des données en faveur d’une augmentation de sa transmissibilité par rapport aux variants de référence et au variant 20I/501Y.V1 (Alpha).
Le criblage évolue vers la recherche des mutations d’intérêt
La stratégie globale de surveillance des variants s’appuie sur trois piliers : la surveillance épidémiologique , le criblage des tests positifs et la surveillance génomique via le séquençage, ce qui permet une approche complémentaire pour à la fois cartographier la circulation des variants connus mais aussi détecter de nouvelles émergences.
Avec l’évolution de l’épidémie et la multiplication de nouvelles souches de variants, la surveillance par criblage s’affine pour permettre un suivi réactif de la détection de certaines mutations d’intérêt. L’acquisition des mutations au sein du génome du virus SARS-CoV-2 est un phénomène attendu et certaines d’entre elles (E484K, E484Q et L452R) semblent avoir un impact sur l’échappement immunitaire ou la transmissibilité du virus, d’où la nécessité de les suivre tout particulièrement.
L’amélioration de cette stratégie repose sur l’utilisation de nouveaux kits de criblage par les laboratoires et s’accompagne de la modification des remontées dans la base SI-DEP avec l’adoption d’une nomenclature spécifique pour chacune des trois mutations d’intérêt.
A partir du 10 juin, la diminution progressive de la réalisation des tests de criblage à la recherche des variants Alpha (20I/501Y.V1), Beta (20H/501Y.V2) et Gamma (20J/501Y.V3) implique l’arrêt du partage en open data des indicateurs s’y rapportant.
Pour toute évolution des systèmes d’information et de la chaîne de remontée d’information, un temps d’évaluation de la montée en charge effective, de la qualité des données reçues et de leur cohérence avec les données disponibles est nécessaire. Ces nouveaux indicateurs, qui seront déclinés par territoire, seront partagés en open data dès que leur consolidation le permettra. Pendant cette période transitoire, et à compter du 17 juin 2021, des résultats seront régulièrement publiés sur le site internet de Santé Publique France ainsi que dans les points épidémiologiques hebdomadaires.
Pour en savoir plus
Forte progression de la vaccination chez les jeunes adultes
Au 8 juin 2021 :
- 28 699 432 de personnes avaient reçu au moins une dose de vaccin soit 42,8% de la population
- 14 358 578 étaient vaccinées avec un schéma complet, représentant 21,4% de la population.
Récemment accessible à l’ensemble des personnes âgées de 18 ans et plus, la vaccination des jeunes adultes a fortement progressé ces dernières semaines : plus de 27 % des 18-24 ans avaient reçu leur première dose au 08 juin 2021. En revanche, la couverture vaccinale, bien qu’élevée chez les plus âgés, peine à progresser depuis quelques semaines, soulevant la nécessité d’encourager et de faciliter l’accès à la vaccination des personnes âgées non encore vaccinées par des actions ciblées et spécifiques.
