Le 27 décembre, 62,4% des tests de criblage indiquaient un profil compatible avec Omicron. Les 10-49 ans avaient les taux d’incidence (corrigés pour l’effet du jour férié du 25 décembre) les plus élevés (>900 cas pour 100 000 habitants), atteignant 1 770 (+124%) chez les 20-29 ans. Le taux d’incidence dépassait les 1 000 cas pour 100 000 habitants en Île-de-France, Provence-Alpes-Côte d’Azur, Corse et Auvergne-Rhône-Alpes. Les nouvelles hospitalisations étaient en hausse dans ces quatre régions et stables ou en diminution sur le reste du territoire métropolitaine. Au 28 décembre, 77,0% de la population totale avait reçu une primo-vaccination complète. Parmi les personnes de 18 ans et plus, 43,7% avait reçu une dose de rappel (70,6% parmi les 65 ans et plus).
En cette période de rassemblements festifs, avec un haut niveau épidémique et une circulation virale toujours plus intense, dominée par le variant Omicron plus transmissible, l’intensification de la vaccination, y compris le rappel dès trois mois, le respect des gestes barrières et l’ensemble des mesures d’isolement pour les cas et de quarantaine pour les personnes-contacts sont indispensables pour freiner au mieux la progression épidémique et préserver le système de soins.
Plus de 72 000 nouveaux cas par jour en moyenne et hausse du taux de reproduction effectif
Au niveau national, le taux d’incidence corrigé pour l’effet du jour férié (25 décembre) a fortement augmenté en semaine 51 (+50%), atteignant 833 cas pour 100 000 habitants. En moyenne, près de 72 900 cas étaient diagnostiqués chaque jour. Le taux de reproduction effectif était en hausse (1,22) indiquant une accélération de la circulation virale. Le taux d’incidence corrigé a augmenté dans toutes les classes d’âge, à l’exception des 0-9 ans, où il a diminué (-9%). Les taux d’incidence dépassaient les 900 cas pour 100 000 habitants chez les 10-49 ans. Les taux les plus élevés et les augmentations les plus fortes étaient observés chez les 20-29 ans (+124%) et les 30-39 ans (+62%). Sur l’ensemble de la population, le taux de dépistage corrigé a continué d’augmenter (+17%). Il s’élevait à 15 666 (+46%) chez les 20-29 ans mais était en baisse chez les moins de 20 ans, en lien avec les vacances scolaires. Le taux de positivité des tests a augmenté de 1,9 point, atteignant 8,7%.
En France métropolitaine, le taux d’incidence corrigé était en augmentation dans toutes les régions. Il atteignait 1 409 (+108%) en Île-de-France, 1 092 (+20%) en Provence-Alpes-Côte d’Azur, 1 040 (+60%) en Corse et 1 000 (+36%) en Auvergne-Rhône-Alpes. En Outre-mer, le taux d’incidence restait élevé à La Réunion (+15%) et était en forte augmentation en Guadeloupe (+220%) et à Mayotte (+194%). Il s’élevait à 258 (+38%) en Martinique.
Le variant Omicron désormais majoritaire en France
En semaine 51, la proportion de prélèvements positifs suspects d’être liés à un variant Omicron (codage A0C0 après criblage) a augmenté de manière importante (39,4% vs 9,3% en S50). En début de semaine 52 (lundi 27/12), elle continuait à augmenter pour atteindre 62,4%. Les données de séquençage indiquaient enfin en semaine 50 une circulation croissante du variant Omicron, identifié dans 15% des 1 501 séquences interprétables de l'enquête Flash du 13/12 (données non consolidées) vs. 1,5% lors de l’enquête Flash de la semaine précédente. L'ensemble de ces indicateurs suggère donc une forte accélération de la diffusion d'Omicron. En semaine 51, la mutation L452R (portée principalement par le variant Delta) évoluait en sens inverse : elle n’était plus détectée que dans 69,2% des prélèvements positifs criblés (vs 89,7% en S50).
Variant Omicron : quelle stratégie de criblage ?
La stratégie de criblage déployée en France vise à détecter de manière réactive des mutations permettant de suspecter la présence de certains variants du SARS-CoV-2. Depuis juin 2021, étaient ciblées les mutations E484K (A), E484Q (B) et L452R (C) correspondant aux principaux variants préoccupants (VOC) circulant alors sur le territoire (cf. Analyse de risque du 02/06/21).
Depuis l’émergence du variant Omicron, un suivi renforcé des résultats de criblage a été instauré pour repérer les prélèvements permettant de suspecter sa présence. Ce suivi n’était toutefois pas spécifique à Omicron car d’autres variants pouvaient avoir le même profil en criblage (par exemple B.1.640).
C’est pourquoi la stratégie de criblage a été adaptée en décembre avec modifications des kits de criblage utilisés par les laboratoires pour arrêter de rechercher la mutation E484Q (B) et cibler d'autres mutations plus spécifiques d'Omicron avec ajout d'un nouveau code (D) dans SIDEP pour en recueillir les résultats.
Ces résultats sont d’ores et déjà utilisés par l’Agence pour la production de ses indicateurs présentés dans son point épidémiologique hebdomadaire. Ils seront disponibles en open data début janvier 2022 sur la plateforme Géodes et le site data.gouv.fr.
Les nouvelles hospitalisations et admissions en soins critiques restent stables mais à des niveaux élevés
Le nombre de nouvelles hospitalisations (7 621) et les admissions en soins critiques (1 719) (données non consolidées) sont restées stables. Au 28 décembre, 17 471 patients COVID-19 étaient hospitalisés, dont 3 429 en soins critiques.1143 décès ont été rapportés en S51 (+8%), avec 1 099 décès à l’hôpital et 44 en ESMS (données non consolidées).
- En France métropolitaine, les taux de nouvelles hospitalisations étaient en hausse en Ile-de-France, en Provence-Alpes-Côte d’Azur, en Corse et en Auvergne-Rhône-Alpes. Une légère augmentation des hospitalisations était aussi observée chez les moins de 40 ans, en particulier chez les 20-29 ans et les 0-9 ans.
- En Outre-mer, les taux de nouvelles hospitalisations étaient en hausse à La Réunion et en Guyane.
Près de 88% des 65 ans éligibles ont reçu leur dose de rappel
Le 28 décembre 2021, l’estimation de la couverture vaccinale en population générale à partir de Vaccin Covid était de 77,0% pour une primo-vaccination complète et de 34,4% pour la dose de rappel. Parmi les 12 ans et plus, 89,6% avaient reçu une primo-vaccination complète. Parmi les 18 ans et plus, 43,7% avaient reçu une dose de rappel et 80,7% de ceux qui étaient éligibles au rappel à cette date l’avaient effectivement reçu. Parmi les 65 ans et plus, 70,6% avaient reçu une dose de rappel et 87,9% de ceux qui étaient éligibles au rappel à cette date l’avaient reçu.
Au 28 décembre, 93,0% des résidents en Ehpad ou USLD avaient reçu une primo-vaccination complète et 66,5% avaient reçu un rappel. Par ailleurs, le pourcentage des résidents en Ehpad ou USLD éligibles au rappel le 28 décembre 2021 et l’ayant effectivement reçu était de 74,6% (vs 73,9% le 21 décembre 2021. Par ailleurs, 76,2% de professionnels exerçant en Ehpad ou USLD éligibles à la dose de rappel avaient effectivement reçu cette dose (vs 71,7% le 21 décembre 2021). Ce pourcentage était de 86,9% (vs 84,5%) pour les professionnels de santé libéraux et de 79,6% pour les professionnels salariés (vs 76,4%).
Focus
Surveillance dans les établissements sociaux et médico-sociaux en page 8 du Point épidémiologique.
