En semaine 09 (du 28 février au 06 mars), la circulation du SARS-CoV-2 a peu ralenti (-7%) par rapport aux quatre semaines précédentes, augurant une stagnation à un niveau élevé du taux d’incidence. Le R-effectif, bien que toujours inférieur à 1, a augmenté à 0,81, et le taux de positivité s’est stabilisé à un niveau élevé (1 test sur 5 était positif). Le taux d’incidence est resté supérieur à 500 cas pour 100 000 habitants dans la majorité des régions et a fortement augmenté en Martinique où il a dépassé 2 400. Une hausse du taux d’incidence était par ailleurs observée chez les 3-10 ans. Les admissions à l’hôpital et en soins critiques poursuivaient leur baisse, tout comme la mortalité en lien avec la COVID-19 (moins de 1 000 décès). Le sous-lignage BA.2 du variant Omicron est devenu majoritaire sur le territoire national en semaine 09. Au 08 mars, les couvertures vaccinales étaient globalement stables par rapport à la semaine précédente : 82,9% des 65 ans et plus et 74,3% des 80 ans et plus avaient reçu un rappel vaccinal. Dans le contexte d’une circulation virale toujours intense, de la rentrée scolaire et de l’allègement des mesures sanitaires collectives, il est indispensable de maintenir les gestes barrières (port du masque, lavage des mains, aération des lieux clos) pour limiter la propagation du virus et protéger les plus vulnérables. Un effort de vaccination pour le rappel doit être consenti envers les personnes de plus de 80 ans. Le respect des autres mesures, en particulier en cas de symptôme, de test positif ou de contact à risque, ainsi que l’adhésion au contact-tracing demeurent essentiels.
Le taux d’incidence reste élevé et ralentit sa baisse
Au niveau national, le taux d’incidence était toujours en baisse en semaine 09 mais de façon moins marquée que la semaine précédente (-7% vs -30% en S08). Il restait à un niveau élevé avec 546 cas pour 100 000 habitants, soit plus de 52 000 nouveaux cas en moyenne par jour. Cette légère diminution était observée dans toutes les classes d’âge, à l’exception des 3-5 ans (+22%) et des 6-10 ans (+11%). Le taux de dépistage (-8%) a continué de diminuer dans toutes les tranches d’âges à l’exception là aussi des 3-5 ans (+10%) et des 6-10 ans (+3%), en lien avec la rentrée scolaire des zones académiques A et B. Le taux de positivité s’est stabilisé à un niveau élevé (+0,1 point).
En France métropolitaine, le taux d’incidence était stable ou en diminution dans la plupart des régions. Une légère augmentation était observée en Bretagne (+9%) et en Normandie (+8%). Le taux de dépistage était stable ou en baisse sur l’ensemble du territoire. En Outre-mer, le taux d’incidence corrigé pour l’effet des jours fériés a fortement augmenté en Martinique (2 449, +173%), tout comme le taux de positivité (23,9%, +12,7 points), avec un taux de dépistage corrigé toujours très haut (10 251, +28%). Le taux d’incidence restait élevé à La Réunion (954, -15%) et en Guadeloupe (680, +47%, taux corrigé).
Nombres de nouvelles hospitalisations et de décès toujours en baisse
Au niveau national, la baisse du nombre d’admissions à l’hôpital (-22%) et en soins critiques (-24%) s’est poursuivie. Au 08 mars, le nombre de patients hospitalisés était inférieur à 22 000. Le nombre de décès à l’hôpital et en ESMS suivait la même tendance avec moins de 1 000 décès en semaine 09. Quant à la surmortalité toutes causes, la diminution amorcée en semaine 06 s’est poursuivie de façon plus marquée en semaines 07 et 08.
En France métropolitaine, les taux de nouvelles hospitalisations continuaient de baisser dans toutes les régions. En Outre-mer, le taux de nouvelles hospitalisations était en baisse dans toutes les régions sauf en Guyane, où il était stable. Le taux de nouvelles admissions en soins critiques était stable dans toutes les régions. Ces taux restaient les plus élevés à La Réunion.
Le sous-lignage BA.2 du variant Omicron désormais majoritaire
Omicron représentait plus de 99,9% des séquences interprétables de l’enquête Flash S08 (21/02).
À ce jour, quatre sous-lignages du VOC Omicron ont été détectés en France : BA.1, son sous-lignage BA.1.1, BA.2 et BA.3.
Comme le laissaient supposer les tendances des semaines précédentes, le sous-lignage le plus détecté est à présent BA.2, avec 43% des 2 929 séquences Omicron de l’enquête Flash S08. D’après les données préliminaires de Flash S09 (28/02), BA.2 est aujourd’hui majoritaire, avec 52% des séquences interprétables. Les sous-lignages BA.1 et BA.1.1 représentaient 22% et 34% des séquences Omicron de Flash S08. Au total, 17 séquences correspondant à BA.3 ont été identifiées au 07/03 (d’après la base de données EMERGEN), dont deux seulement au cours d’enquêtes Flash et aucune depuis S06. La progression de BA.2 au détriment de BA.1 est observée dans l’ensemble du territoire métropolitain, mais à des niveaux différents selon les régions.
Depuis le 18 février 2022, un recombinant Delta/Omicron (auquel aucun nom de lignage n’a encore été assigné) fait l’objet d’un suivi renforcé par les laboratoires du consortium EMERGEN, Santé publique France et le CNR Virus des infections respiratoires. Détecté en France, la séquence de référence de ce recombinant a été publiée sur GISAID le 8/03/2022. La majorité de son génome correspond au variant Delta (sous-lignage AY.4), mais une large portion du gène S (codant pour la protéine Spike) correspond au variant Omicron (sous-lignage BA.1). Au 08/03, 27 séquences de ce recombinant ont été détectées en France, dont 14 au cours d’enquêtes Flash. Ces séquences correspondent à des cas provenant de plusieurs régions et remontant à début janvier 2022, ce qui suggère une circulation de ce recombinant à des niveaux faibles depuis plusieurs semaines. À ce jour, très peu de données sont disponibles sur ses caractéristiques, et des investigations sont en cours. Plus d’informations sont disponibles dans l’analyse de risque variants du 23/02/2021.
Comparaison de la gravité des infections liées aux variants Omicron et Delta
Santé publique France a publié en preprint les résultats d’une étude de cohorte comparant la sévérité des infections symptomatiques liées aux variants Delta et Omicron. L’étude confirme la moindre gravité des infections par ce dernier. Cependant, cette différence entre les deux variants était moins marquée chez les plus âgés.
Parmi les personnes infectées par le SARS-CoV-2 symptomatiques, le risque de connaître un évènement hospitalier grave était moins élevé pour les personnes infectées par Omicron que pour celles du même âge infectées par Delta. Cependant, cette différence entre les variants s’atténuait avec l’âge. Ainsi, ce risque était divisé par 9,1 chez les personnes de 40 à 64 ans infectées par Omicron, par 5,3 chez celles de 65 à 80 ans et seulement par 2,0 chez les 80 ans et plus.
En outre, le risque d’évènement grave augmentait fortement avec l’âge et était deux fois plus important chez les hommes que chez les femmes. Il augmentait également en cas de comorbidité. Par exemple, chez les personnes de 40 à 64 ans, la présence de comorbidité à très haut risque était associée à un risque d’évènement grave 4,2 fois supérieur à celui des personnes n’en présentant aucune.
Le risque d’évènement grave était plus important chez les personnes non vaccinées que chez les primo-vaccinés, indépendamment du variant en cause (risque 6,9 fois plus élevé chez les 40-64 ans). Chez les personnes âgées de 80 ans et plus infectées par Omicron, le rappel apportait une protection additionnelle : le risque était divisé par 3,7 par rapport aux primo-vaccinés.
- Pour en savoir plus : Focus page 8 du point épidémiologique.
Près de 75% des 80 ans et plus ont reçu leur dose de rappel, un niveau encore insuffisant
Au 08 mars 2022, l’estimation de la couverture vaccinale en population générale à partir de Vaccin Covid était de 79,4% pour une primo-vaccination complète et de 58,2% pour la dose de rappel. Parmi les 18 ans et plus, 72,8% avaient reçu une dose de rappel et 82,6% de ceux qui étaient éligibles au rappel à cette date l’avaient effectivement reçu. Parmi les 65 ans et plus, 82,9% avaient reçu une dose de rappel et 91,0% de ceux qui y étaient éligibles à cette date l’avaient reçu. Par ailleurs, 74,3% des 80 ans et plus avaient reçu un rappel vaccinal et 87,4% de ceux qui étaient éligibles au rappel à cette date l’avaient effectivement reçu. Cette tranche d’âge a la couverture vaccinale de la dose de rappel la plus faible parmi l’ensemble des classes d’âge de 50 ans et plus. Un effort de vaccination pour le rappel doit être consenti envers les personnes de plus de 80 ans.
Par ailleurs, Santé publique France publie la mise à jour du bilan des activités de traçage des contacts.
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Chiffres clés et évolution de la COVID-19 en France et dans le monde
