La suspension par une partie des laboratoires de biologie médicale privés de la transmission des résultats de tests COVID-19 dans la base de données SI-DEP depuis le 27 octobre a pour conséquence la perturbation de la production des indicateurs virologiques de Santé publique France. En conséquence, les indicateurs SI-DEP produits à partir du 28 octobre s’appuient sur les tests antigéniques (TAG), essentiellement réalisés par les officines de pharmacie, ainsi que sur les RT-PCR des laboratoires ayant poursuivi leur transmission.
Santé publique France rappelle que le suivi de la dynamique épidémique de la COVID-19 repose, depuis mars 2020, sur une surveillance multi-sources et intégrée qui permet d’apprécier son évolution sur la base d’autres indicateurs que ceux produits à partir des seules données des laboratoires. Ces indicateurs sont notamment les passages aux urgences, les recours à SOS Médecins, les hospitalisations (SI-VIC), les décès ou encore les estimations de couvertures vaccinales. Ces indicateurs ne sont pas impactés, ils permettent de garantir une continuité dans le suivi des tendances de l’épidémie, et continueront d’alimenter les bilans produits par l’Agence.
Situation épidémiologique calculée sur la base des seuls tests antigéniques (TAG)
En semaine 44 (du 31 octobre au 06 novembre), la circulation du SARS-CoV-2 a continué de diminuer au niveau national. Même si le taux d’incidence corrigé calculé à partir des seuls tests antigéniques (TAG) était toujours en baisse, il l’était de manière moins marquée que les semaines précédentes, et le taux de positivité calculé via les TAG était en légère hausse (29,3%, soit +0,7 point). En Outre-mer, le taux d’incidence corrigé issu des tests antigéniques était en hausse ou stable dans toutes les régions.
Quelles tendances observées sur les autres indicateurs du suivi de l’épidémie ?
Les recours aux soins pour suspicion de COVID-19 continuaient de diminuer aux urgences (2 844 passages, soit -23%). Cette baisse était nettement moins marquée dans les associations SOS Médecins (2 723 actes, soit -4%). L’évolution était la même dans l’ensemble des classes d’âge.
Les indicateurs hospitaliers ont poursuivi leur diminution. 3 521 nouvelles hospitalisations ont été comptabilisées (soit -27% par rapport à S43), dont 355 (-27% également) en soins critiques. Quant au nombre de décès à l’hôpital et en ESMS, il était également en baisse (379, soit -16%, données non consolidées).
Omicron circule de manière quasi exclusive en France et son sous-lignage BA.5 reste omniprésent
En France métropolitaine, BA.5 (tous sous-lignages confondus) représentait 92% des séquences interprétables de l’enquête Flash S42 (17/10). L’enquête S43 n’est pas disponible en raison d’un nombre de séquences trop faible pour avoir des proportions robustes. Parmi ces sous-lignages, la détection du sous-lignage BQ.1.1 continue d’augmenter, mais à une vitesse plus faible qu’initialement, avec 28% des séquences interprétables au cours de l’enquête Flash S42 (vs 20% pour Flash S41). Le sous-lignage BA.4 (tous sous-lignages compris) continue de circuler, mais à des niveaux faibles, avec 5% des séquences interprétables au cours de Flash S42 (vs 6% en S41). La détection de mutations en position L452 par les tests de criblage reste stable à des niveaux élevés (93% en S43 et en S42), en lien avec la circulation de BA.4 et BA.5 observée par séquençage. Des informations complémentaires sont disponibles dans l’analyse de risque du 26/10/2022.
La vaccination et la prévention toujours essentielles
Au 07 novembre, seuls 39,9% des 60-79 ans et 52,6% des 80 ans et plus éligibles (selon le délai depuis la dernière injection) avaient reçu leur deuxième dose de rappel. Dans le contexte d’une circulation toujours active du SARS-CoV-2 et à l’approche de la période hivernale, la vaccination doit être renforcée, notamment par un rappel avec un vaccin bivalent (contre la souche initiale et le variant Omicron du SARS-CoV-2) chez les primo-vaccinés éligibles (dès 3 mois ou 6 mois après la dernière injection selon les recommandations en vigueur).
Par ailleurs pour les personnes à risque de développer une forme grave de la grippe, et de Covid-19, la vaccination contre le virus de la grippe est également recommandée. La vaccination contre la grippe et contre la Covid-19 peuvent être réalisées au cours d’une même consultation.
L’application des gestes barrières reste nécessaire (le port systématique du masque en présence de personnes fragiles ou en cas de promiscuité dans les espaces fermés et le lavage des mains) pour protéger les personnes à risque de formes graves.
Dans le contexte d’une forte épidémie de bronchiolite, il est également recommandé aux parents de nourrissons et jeunes enfants ainsi que leur entourage, d’adopter les gestes barrières pour limiter la transmission du virus à l’origine de la bronchiolite.
Le suivi des autres mesures préconisées pour la COVID-19 demeure également essentiel : isolement en cas de test positif et/ou en cas de symptôme.
Surveillance des cas de COVID-19 chez les professionnels en établissements de santé
Depuis le 04 octobre 2022, 3 385 contaminations supplémentaires liées à la Covid-19 ont été déclarées chez les PES, portant à 152 817 le nombre de contaminations chez les PES pour la période du 1er mars 2020 au 08 novembre 2022. Aucun décès supplémentaire lié à la COVID-19 n’a été déclaré depuis le dernier bilan. Au total, 19 décès liés à l’infection à SARS-CoV-2 ont été enregistrés depuis le 1er mars 2020.
Pour en savoir plus : Recensement national des cas de COVID-19 chez les professionnels en établissements de santé
COVID-19 : point épidémiologique du 10 novembre 2022
En savoir plusPour en savoir plus sur la COVID-19, les systèmes de surveillance et la vaccination, consultez le dossier Santé Publique France et le site Vaccination Info Service. Pour plus d’informations sur les données régionales, consultez les points épidémiologiques régionaux. Retrouvez toutes les données en accès libre sur Géodes.
