En semaine 42 (du 17 au 23 octobre), la circulation du SARS-CoV-2 a ralenti sur tout le territoire avec un R-effectif inférieur à 1. Le taux d’incidence a diminué pour la première fois après cinq semaines de hausse et une semaine de stabilisation (-14% vs +0% en semaine 41). Il était de 496 cas pour 100 000 habitants, ce qui représentait plus de 48 000 nouveaux cas quotidien en moyenne. Bien qu’en baisse dans toutes les classes d’âge et dans l’ensemble des régions métropolitaines, cet indicateur restait toutefois élevé. Les indicateurs hospitaliers montraient également une amélioration, avec 5 902 nouvelles hospitalisations (-20%) dont 489 en soins critiques (-20%), la tendance à la baisse étant à confirmer la semaine prochaine. Les décès étaient, en revanche, toujours en progression (+12%). En Outre-mer, une hausse de l’incidence était observée en Guadeloupe (+52%).
L’annonce des représentants des laboratoires biologiques privés de suspendre la transmission des résultats de tests Covid-19 dans la base du système de surveillance virologique Si-DEP a pour conséquence la perturbation de la production des indicateurs virologiques de Santé publique France. Les tests RT-PCR (résultats positifs ou négatifs) des laboratoires suivant ce mouvement ne seront effectivement pas intégrés dans la base de données transmise à Santé publique France.
En conséquence, les indicateurs Si-DEP produits à partir d’aujourd’hui seront basés sur les tests antigéniques (TAG), essentiellement réalisés par les officines, ainsi que sur les RT-PCR des laboratoires qui auront poursuivi leur transmission.
Les analyses d’impact réalisées par Santé publique France montrent que la dynamique des TAG seuls (qui représentent plus de 50% des tests totaux) est très corrélée à la dynamique de l’ensemble des tests et permet donc d’apprécier l’évolution de l’épidémie.
Les données quotidiennes (nombre de nouveaux de cas confirmés J-1) publiées sur le tableau de bord InfoCovidFrance et Tous AntiCovid seront donc impactées à compter du vendredi 28 octobre et les indicateurs à J-3 (taux d’incidence, taux de positivité, taux de dépistage) publiés sur la plateforme Géodes et opendata.gouv.fr le seront à compter du dimanche 30 octobre.
Il est important de rappeler que le suivi de la dynamique de l’épidémie repose, depuis mars 2020, sur une surveillance multi-sources qui permet d’apprécier son évolution. Les indicateurs de suivi de l’épidémie issus d’autres bases de données (passages aux urgences, recours à SOS Médecins, hospitalisations, décès et vaccination) ne sont pas impactés ; ces indicateurs continueront donc d’alimenter les bilans produits par l’Agence.
Omicron circule de manière quasi exclusive en France, et son sous-lignage BA.5 reste omniprésent. En France métropolitaine, BA.5 (tous sous-lignages confondus) représentait 91% des séquences interprétables de l’enquête Flash S41 (10/10) (données non consolidées sur un faible nombre de séquences). Parmi ces sous-lignages, la détection du sous-lignage BQ.1.1 était en augmentation, avec 2%, 10%, 19% et 21% des séquences interprétables au cours des enquêtes Flash S38, S39, S40 et S41. Il est cependant encore trop tôt pour évaluer le possible impact de BQ.1.1 sur la dynamique épidémique. Le sous-lignage BA.4 (tous sous-lignages compris) continuait de circuler, avec 7% des séquences interprétables au cours de Flash S41. Des informations complémentaires sont disponibles dans l'analyse de risque qui a été publiée ce jour sur notre site : Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (26/10/2022).
Au 24 octobre, seuls 38,4% des 60-79 ans et 51,1% des 80 ans et plus parmi les personnes éligibles (selon le délai depuis leur dernière injection) avaient reçu un deuxième rappel. Dans le contexte d’une circulation toujours très active du SARS-CoV-2 et à l’approche de la période hivernale, la vaccination doit être renforcée, notamment par un rappel avec un vaccin bivalent (contre la souche initiale et le variant Omicron du SARS-CoV-2) chez les primo-vaccinés éligibles (dès 3 mois ou 6 mois après la dernière injection selon les recommandations en vigueur).
L’application des gestes barrières demeure nécessaire (le port systématique du masque en présence de personnes fragiles ou en cas de promiscuité dans les espaces fermés et le lavage des mains) afin de protéger les personnes à risque de formes graves. Le suivi des autres mesures préconisées reste également primordial : isolement en cas de test positif pour la COVID-19 et/ou en cas de symptôme.
Pour en savoir plus sur la COVID-19, les systèmes de surveillance et la vaccination, consultez le dossier Santé Publique France et le site Vaccination Info Service. Pour plus d’informations sur les données régionales, consultez les points épidémiologiques régionaux. Retrouvez toutes les données en accès libre sur Géodes.
