La suspension par une partie des Laboratoires de biologie médicale privés de la transmission des résultats de tests COVID-19 dans la base de données SI-DEP à partir du 27 octobre a pour conséquence la perturbation de la production des indicateurs virologiques de Santé publique France.
En semaine 43 (du 24 au 30 octobre), la circulation du SARS-CoV-2 a continué de ralentir au niveau national. Le taux d’incidence calculé à partir des seuls tests antigéniques [voir encadré] était en diminution pour la deuxième semaine consécutive dans l’ensemble des régions métropolitaines. Quant aux indicateurs hospitaliers, la tendance à la baisse s’est confirmée en semaine 43 avec 418 nouvelles hospitalisations comptabilisées (-34%), dont 447 (-18%) en soins critiques. Le nombre de décès à l’hôpital et en ESMS a également diminué pour la première fois cette semaine (397, -25%). En Outre-mer, le taux d’incidence issu des tests antigéniques était en diminution en Martinique et restait stable en Guadeloupe et à La Réunion, ainsi qu’en Guyane, où les effectifs étaient faibles.
Analyse de la situation virologique en semaine 43
En semaine 43, le taux d’incidence au niveau national n’est pas interprétable suite à la suspension de la transmission des résultats de tests de COVID-19 par certains laboratoires de biologie médicale privés. Ainsi, les résultats des tests RT-PCR issus des laboratoires suivant ce mouvement ne peuvent être intégrés dans l’analyse, ce qui affecte les indicateurs virologiques SI-DEP habituels (en particulier les taux d’incidence et de dépistage).
Le taux de positivité, moins impacté, était de 23,4% au niveau national, soit -2,3 points par rapport à la semaine 42. La tendance épidémique demeurait donc à la baisse en semaine 43, comme le confirmaient les indicateurs (taux d’incidence, de dépistage et de positivité) calculés à partir des tests antigéniques (TAG) seuls, pour lesquels une diminution était observée pour la deuxième semaine consécutive sur sept jours glissants.
Par ailleurs, Santé publique France rappelle que le suivi de la dynamique épidémique de la COVID-19 repose, depuis mars 2020, sur une surveillance multi-sources qui permet d’apprécier son évolution sur la base d’autres indicateurs que ceux produits à partir des seules données des laboratoires.
Ces indicateurs sont notamment les passages aux urgences, les recours à SOS Médecins, les hospitalisations (SI-VIC), les décès ou encore les estimations de couvertures vaccinales. Ces indicateurs ne sont pas impactés, ils permettent de garantir une continuité dans le suivi des tendances de l’épidémie, et continueront d’alimenter les bilans produits par l’Agence.
Omicron circule de manière quasi exclusive en France et son sous-lignage BA.5 reste omniprésent. En France métropolitaine, BA.5 (tous sous-lignages confondus) représentait 92% des séquences interprétables de l’enquête Flash S42 (17/10) (données non consolidées suite à un faible nombre de séquences). Parmi ces sous-lignages, la détection du sous-lignage BQ.1.1 continuait d’augmenter. Cependant, la vitesse de la hausse s’est stabilisée, avec 2%, 10%, 16%, 20% et 31% des séquences interprétables au cours des enquêtes Flash S38, S39, S40, S41 et S42. Le sous-lignage BA.4 (tous sous-lignages compris) continuait de circuler mais à des niveaux faibles, avec 3% des séquences interprétables au cours de Flash S42 (vs 6% en S41). Des informations complémentaires sont disponibles dans l’analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (26/10/2022).
Au 31 octobre, seuls 39,2% des 60-79 ans et 52,0% des 80 ans et plus parmi les personnes éligibles (selon le délai depuis leur dernière injection) avaient reçu un deuxième rappel. Dans le contexte d’une circulation toujours très active du SARS-CoV-2 et à l’approche de la période hivernale, la vaccination doit être renforcée, notamment par un rappel avec un vaccin bivalent (contre la souche initiale et le variant Omicron du SARS-CoV-2) chez les primo-vaccinés éligibles (dès 3 mois ou 6 mois après la dernière injection selon les recommandations en vigueur).
L’application des gestes barrières reste nécessaire (le port systématique du masque en présence de personnes fragiles ou en cas de promiscuité dans les espaces fermés et le lavage des mains) pour protéger les personnes à risque de formes graves. Le suivi des autres mesures préconisées demeure également essentiel : isolement en cas de test positif pour la COVID-19 et/ou en cas de symptôme.
Pour en savoir plus sur la COVID-19, les systèmes de surveillance et la vaccination, consultez le dossier Santé Publique France et le site Vaccination Info Service. Pour plus d’informations sur les données régionales, consultez les points épidémiologiques régionaux. Retrouvez toutes les données en accès libre sur Géodes.
