Point épidémiologique COVID-19 du 31 mars 2022 - Intensification de la circulation du SARS-CoV-2 accompagnée d’une hausse des nouvelles hospitalisations

En semaine 12 (du 21 au 27 mars), la circulation du SARS-CoV-2 s’est intensifiée sur l’ensemble du territoire, confirmant la reprise de l’épidémie pour la troisième semaine consécutive. Le taux d’incidence, en augmentation, a dépassé le seuil de 1 000 cas pour 100 000 habitants dans toutes les régions métropolitaines. Les taux les plus élevés étaient observés chez les 10-19 ans et les 30-49 ans. Les nouvelles hospitalisations ont augmenté tandis que le nombre de décès continuait de diminuer. Au 28 mars, 83,2% des 65 ans et plus et 71,1% des résidents en Ehpad ou USLD avaient reçu un rappel vaccinal, cette proportion ayant peu évolué depuis la semaine précédente. Dans le contexte actuel d’accélération continue de la circulation du SARS-CoV-2 et des virus grippaux, l’application des gestes barrières (port du masque dans les espaces fermés ou de promiscuité importante, lavage des mains, aération des lieux clos) est essentielle en termes de prévention, en particulier pour protéger les personnes vulnérables. L’effort de vaccination incluant la deuxième dose de rappel doit également se poursuivre chez les populations éligibles. De même, le suivi des autres mesures préconisées est nécessaire en cas de symptôme, de test positif ou de contact à risque.

Plus de 120 000 nouveaux cas diagnostiqués en moyenne par jour 

Au niveau national, le taux d’incidence a dépassé le seuil de 1 000 cas pour 100 000 habitants en semaine 12. Ce taux a continué d’augmenter (+42% depuis la semaine précédente) dans l’ensemble des classes d’âge pour la troisième semaine consécutive. Le taux d’incidence était le plus élevé chez les 10-19 ans, les 30-39 ans et les 40-49 ans (>1 600/100 000). Le R-effectif (1,35) a de nouveau augmenté. Le taux de dépistage a également poursuivi sa progression (+27%). De même, le taux de positivité était en hausse et a atteint 30,5%. Il était le plus élevé chez les 40-49 ans et les 10-19 ans avec néanmoins des augmentations plus fortes chez les plus âgés (50-89 ans) comme la semaine précédente.
En France métropolitaine, le taux d’incidence a continué d’augmenter dans toutes les régions, allant de +17% en Nouvelle-Aquitaine à +78% en Île-de-France. Les taux les plus élevés étaient observés en Bretagne (1 800, +35%) et en Corse (1 746, +41%). En Outre-mer, le taux d’incidence était le plus élevé et en hausse à La Réunion (1 341, +21%). Des taux élevés étaient observés en Martinique (1 063, -37%) et en Guadeloupe (938, -3%). 

Augmentation des nouvelles hospitalisations et admissions en soins critiques

Au niveau national, le nombre de nouvelles admissions à l’hôpital a augmenté en semaine 12 (+5%) et les nouvelles admissions en soins critiques étaient en légère hausse (+2%). Le nombre de décès à l’hôpital et en ESMS a continué de diminuer. La mortalité toutes causes se situait dans les marges de fluctuation habituelle. 
En France métropolitaine, les taux de nouvelles hospitalisations étaient en augmentation dans plusieurs régions, notamment en Pays de la Loire, Île-de-France, Centre-Val de Loire et Auvergne-Rhône-Alpes. En Outre-mer, le taux de nouvelles hospitalisations était le plus élevé à La Réunion, où il était stable.

Le sous-lignage BA.2 reste dominant et représente 84% des séquences 

Les données de séquençage confirment la dominance d’Omicron en France. Omicron représentait plus de 99,9% des séquences interprétables dans l’enquête Flash S11 (14/03).  
Le sous-lignage BA.2 du variant Omicron est aujourd’hui majoritaire en France, avec 84% des 2 329 séquences de l’enquête Flash S11. La progression de BA.2 au détriment de BA.1 est observée sur l’ensemble du territoire métropolitain, mais à des niveaux différents selon les régions. Dans les DROM, BA.2 semble aussi en augmentation. S’il a été montré que BA.2 était plus transmissible que BA.1, les deux sous-lignages sont similaires en termes d’échappement à la réponse immunitaire et de sévérité.

Le recombinant AY.4/BA.1 (XD) est classé variant en cours d’évaluation (VUM) depuis l’analyse de risque variants du 23/03/2022. Au 28 mars, 63 séquences étaient détectées en France. Ces séquences correspondent à des cas provenant de plusieurs régions de France métropolitaine. Le variant XD représente moins de 0,1% des séquences interprétables depuis l’enquête Flash S01, y compris dans l’enquête Flash S11 (14/03). Par ailleurs, 54 cas confirmés (par séquençage) ou suspects (liés à un cas confirmé) d’infection par le variant XD ont été investigués par les cellules régionales de Santé publique France en collaboration avec le CNR et les laboratoires du consortium EMERGEN. Si la majorité des cas avaient bénéficié d’une primo-vaccination complète (54%), dont 24% avec la première dose de rappel, seuls trois cas (6%) ont rapporté une précédente infection par le SARS-CoV-2, ce qui est plus faible qu’avec Omicron (14% des 468 cas investigués entre novembre 2021 et janvier 2022). Comparée à Omicron, la proportion de cas ayant rapporté une perte de goût ou d’odorat était plus importante parmi les cas d’infection par le variant XD. 

Plus de 73% des 18 ans et plus ont reçu une dose de rappel

Au 28 mars 2022, l’estimation de la couverture vaccinale en population générale était de 79,5% pour une primo-vaccination complète et de 58,6% pour la dose de rappel. La couverture vaccinale de la dose de rappel était de 73,2% chez les 18 ans et plus et de 83,2% chez les 65 ans et plus. En outre, 9,4% des enfants âgés de 10 à 11 ans avaient reçu une première dose de vaccin (3,2% pour les 5 à 9 ans). 93,5% des résidents en Ehpad ou USLD avaient reçu une primo-vaccination complète et 71,1% avaient reçu un rappel.

Suite aux dernières recommandations concernant la seconde dose de rappel chez les personnes âgées de 80 ans et plus ainsi que chez les résidents en EHPAD ou USLD, les données de couverture vaccinale de la seconde dose de rappel seront prochainement publiées. 

Par ailleurs, Santé publique France publie la mise à jour de la surveillance des cas de Covid-19 chez les professionnels en établissement de santé et du Bilan de la surveillance des cas de syndrome inflammatoire multi-systémique pédiatrique.