Point épidémiologique COVID-19 du 7 avril 2022 : circulation du SARS-CoV-2 toujours très élevée malgré une baisse chez les plus jeunes ; la hausse des nouvelles hospitalisations s’intensifie

En semaine 13 (du 28 mars au 03 avril), la circulation du SARS-CoV-2 se maintenait à un niveau très élevé sur l’ensemble du territoire. Si la hausse du taux d’incidence ralentissait, les nouvelles admissions à l’hôpital et en soins critiques s’intensifiaient. Cette dynamique était néanmoins hétérogène : le taux d’incidence diminuait chez les moins de 20 ans. De même, au niveau territorial, l’incidence semblait se stabiliser dans certaines régions métropolitaines. Les évolutions des taux d’incidence et de dépistage devront être interprétées avec prudence dans les prochaines semaines, en raison du recours de plus en plus fréquent aux autotests, non pris en compte dans les indicateurs issus de SI-DEP lorsqu’ils ne font pas l’objet d’une confirmation par test antigénique ou RT-PCR. L’augmentation du nombre d’admissions en réanimation doit être surveillée avec attention, compte tenu de l’épidémie de grippe qui contribue à augmenter la pression sur l’hôpital. Au 04 avril, 83,3% des 65 ans et plus avaient reçu un rappel vaccinal et seuls 6,6% des 80 ans et plus avaient reçu une seconde dose de rappel. Dans le contexte actuel de forte circulation du SARS-CoV-2 et des virus grippaux ainsi que de leur impact sur le système de soins et sur l’hôpital, l’application des gestes barrières (port du masque dans les espaces fermés ou lors de grands rassemblements, lavage des mains, aération des lieux clos) est essentielle, en particulier pour protéger les personnes vulnérables. L’effort de vaccination incluant la deuxième dose de rappel doit également se poursuivre chez les populations éligibles. De même, le suivi des autres mesures préconisées est nécessaire en cas de symptôme, de test positif ou de contact à risque.

Plus de 135 000 nouveaux cas diagnostiqués en moyenne par jour 

Au niveau national, le taux d’incidence était de 1 434 cas pour 100 000 habitants en semaine 13 (+7% vs S12). Ce taux continuait d’augmenter chez les adultes pour la quatrième semaine consécutive mais diminuait chez les moins de 20 ans. Il restait néanmoins supérieur à 1 000/100 000 dans toutes les classes d’âge à l’exception des moins de 10 ans. Le taux de dépistage suivait la même dynamique d’évolution que le taux d’incidence (+5%). Le taux de positivité évoluait donc peu en semaine 13 mais restait très élevé à 31,0% (+0,5 point). Il était en baisse chez les moins de 20 ans, confortant l’hypothèse d’une diminution de la circulation du SARS-CoV-2 dans cette classe d’âge, à confirmer dans les prochaines semaines. Le R-effectif était toujours supérieur à 1 (1,21) montrant que la circulation du virus était toujours en hausse.

En France métropolitaine, le taux d’incidence augmentait toujours dans toutes les régions, à l’exception de la Bretagne (1 779, -2%), du Grand Est (1 581, -5%) et de la Nouvelle-Aquitaine (1 128, -2%) où il se stabilisait. L’ensemble des régions avait un taux d’incidence supérieur à 1 000/100 000. Les taux les plus élevés étaient observés en Corse (1 979, +13%) et en Bretagne. En Outre-mer, le taux d’incidence était le plus élevé et toujours en hausse à La Réunion (1 503, +12%). Il diminuait en Guadeloupe (811, -14%) et en Martinique (735, -31%).

Poursuite de la hausse des nouvelles admissions à l’hôpital et en soins critiques

Au niveau national, le nombre de nouvelles admissions à l’hôpital poursuivait sa hausse (+7%) en semaine 13. Celle-ci était plus marquée pour les admissions en soins critiques, et ce depuis la semaine 12 : 795 (+14%) en semaine 13 (données non consolidées) et 697 (+12%) en semaine 12. Le nombre de décès à l’hôpital et en ESMS repartait à la hausse en semaine 13 malgré des données encore non consolidées (+2%).

En France métropolitaine, les taux d’admissions en soins critiques étaient en augmentation dans toutes les régions à l’exception des Hauts-de-France, de l’Île-de-France et de la Normandie où ils étaient stables ou en légère baisse. Les taux les plus élevés étaient observés en Corse (20,0, +23%), en Normandie (18,8, +18%), en Bretagne (18,3, +10%) et en Bourgogne-Franche-Comté (18,1, +26%). En Outre-mer, le taux de nouvelles hospitalisations restait le plus élevé à La Réunion (11,5), alors que celui des nouvelles admissions en soins critiques était de nouveau le plus élevé en Guadeloupe (1,9).

Omicron toujours dominant, le sous-lignage BA.2 représente désormais 92% des séquences 

Les données de séquençage confirment la dominance d’Omicron en France. Omicron représentait plus de 99,9% des séquences interprétables dans l’enquête Flash S12 (21/03).  

Le sous-lignage BA.2 du variant Omicron était majoritaire en France, avec 92% des 2 506 séquences de l’enquête Flash S12 (21/03). La progression de BA.2 au détriment de BA.1 était observée sur l’ensemble du territoire métropolitain et dans les DROM. S’il a été montré que BA.2 était plus transmissible que BA.1, les deux sous-lignages sont similaires en termes d’échappement à la réponse immunitaire et de sévérité. 

Le recombinant XD est classé variant en cours d’évaluation (VUM) depuis l’analyse de risque variants du 23/03/2022, en raison de ses caractéristiques génétiques dérivées des variants préoccupants (VOC) parentaux (Delta AY.4 et Omicron BA.1). Au 04 avril, 65 séquences étaient détectées en France. Ces séquences correspondent à des cas provenant de plusieurs régions métropolitaines. Le recombinant XD représente moins de 0,1% des séquences interprétables des enquêtes Flash S01 (03/01) à Flash S11 (14/03), et n’a pas été détecté au cours de l’enquête Flash S12. 

6,6% des 80 ans et plus ont reçu une seconde dose de rappel 

Au 04 avril 2022, l’estimation de la couverture vaccinale en population générale était de 79,5% pour une primo-vaccination complète et de 58,7% pour la dose de rappel. La couverture vaccinale de la dose de rappel était de 73,3% chez les 18 ans et plus et de 83,3% chez les 65 ans et plus. En outre, 9,5% des enfants âgés de 10 à 11 ans avaient reçu une première dose de vaccin (3,2% pour les 5 à 9 ans). La couverture vaccinale de la seconde dose de rappel était de 6,6% chez les 80 ans et plus. Pour les résidents en Ehpad ou USLD, 93,5% avaient reçu une primo-vaccination complète, 71,3% avaient reçu une dose de rappel et 2,7% avaient reçu un second rappel.

Les données de couvertures vaccinales par département sont publiées sur Géodes et celles concernant la deuxième dose de rappel y sont également publiées depuis le 07 avril 2022.