Taux d’incidence en baisse, dans un contexte de forte diminution du taux de dépistage
En semaine 52 (du 26 décembre 2022 au 1er janvier 2023), les indicateurs virologiques de circulation du SARS-CoV-2 étaient en baisse au niveau national et sur l’ensemble du territoire métropolitain. Le taux d’incidence a fortement diminué (-50%) et a atteint 210 cas pour 100 000 habitants. Il est passé sous la barre des 50/100 000 chez les moins de 20 ans et est resté le plus élevé chez les plus âgés. Cette baisse du taux d’incidence est intervenue dans un contexte de diminution importante du taux de dépistage (1 110/100 000, -44%), en particulier chez les moins de 60 ans. Le taux de positivité poursuivait sa baisse (18,9%, -2,5 points), avec néanmoins une légère hausse chez les moins de 20 ans, chez qui il restait le plus faible. Les indicateurs de recours aux soins pour suspicion de COVID-19 auprès de SOS Médecins et aux urgences suivaient la même tendance.
Les nouvelles admissions à l’hôpital toujours élevées
En semaine 52, le nombre de nouvelles hospitalisations, dont la valeur sera consolidée dans le prochain Point épidémiologique, était en baisse pour la deuxième semaine consécutive (4 999, -40% - données non consolidées). Les données consolidées de la semaine précédente indiquaient quant à elles une diminution des nouvelles admissions (8 289, -16%) en semaine 51 (-14% en soins critiques).
Zoom sur la surveillance génomique en 2023
La surveillance génomique, en France et dans le monde, a pour objectif l’identification précoce des variants émergents de SARS-CoV-2, en reposant sur le séquençage d’un échantillon de prélèvements positifs, réévalué chaque semaine en fonction du nombre de cas. Les besoins de surveillance évoluent aussi compte tenu d’autres facteurs tels que l’introduction de nouveaux variants préoccupants ou l’émergence de la résistance aux traitements curatifs.
Les activités de surveillance et de recherche du consortium EMERGEN se poursuivent en 2023 sous la coordination de Santé publique France et de l’ANRS|MIE. Depuis le 1er janvier 2023, l’activité de séquençage est centralisée autour du Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires (Hospices civils de Lyon, Institut Pasteur), en lien avec les laboratoires de biologie médicale préleveurs et avec le soutien des laboratoires hospitaliers du réseau ANRS|MIE. Les enquêtes Flash hebdomadaires se poursuivent également et l’ensemble des séquences produites sont centralisées sur la plateforme EMERGEN-DB ; elles sont aussi publiées sur Gisaid à des fins de partage au niveau international. Leurs résultats sont restitués et mis à disposition sur le tableau de bord InfoCovidFrance et dans le Point épidémiologique hebdomadaire.
Les capacités de séquençage au sein du consortium EMERGEN, dans sa configuration actuelle, sont d’environ 10 000 séquences par semaine. Aujourd’hui, les capacités du CNR seul (4 000 séquences par semaine) sont suffisantes pour couvrir les besoins en matière de surveillance génomique des variants du SARS-CoV-2 (enquêtes Flash hebdomadaires et surveillance aux aéroports), conformément aux recommandations européennes.
Omicron circule de manière quasi exclusive en France et son sous-lignage BA.5 reste omniprésent
En France métropolitaine, BA.5 (tous sous-lignages confondus) représentait 93% des séquences interprétables de l’enquête Flash S50 (12/12, sur la base de 1 704 séquences interprétables). Parmi les sous-lignages de BA.5, la détection du sous-lignage BQ.1.1 (ses sous-lignages inclus) continuait d’augmenter à un rythme régulier, avec 70% des séquences interprétables au cours de l’enquête Flash S50 (vs 67% pour Flash S49). Pour plus d’informations : Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (14/12/2022)
Circulation toujours active des virus hivernaux : l’adhésion aux mesures combinées doit se poursuivre
Au 02 janvier 2023, 16,3% des 60-79 ans et 19,6% des 80 ans et plus avaient reçu un rappel adapté au variant Omicron (21,8% et 23,2% respectivement parmi les éligibles)1. Par ailleurs, 32,7% des 60-79 ans étaient considérés comme protégés par la vaccination (dernière injection datant de moins de 6 mois), tout comme 21,0% des 80 ans et plus (dernière injection datant de moins de 3 mois)2.
Les couvertures vaccinales chez les professionnels de santé pour la primo-vaccination complète, la première dose de rappel et le rappel adapté au variant Omicron sont estimées respectivement à 95,6%, 86,2% et 10,1% chez ceux exerçant en Ehpad, 97,7%, 88,8% et 11,4% chez les libéraux, et 96,6%, 88,3% et 11,6% chez ceux exerçant en établissement de santé3. La campagne de vaccination automnale incluant la dose de rappel adaptée aux variants Omicron a débuté le 03 octobre 2022.
Dans ce contexte, un renforcement de la vaccination contre la COVID-19, notamment par un rappel avec un vaccin bivalent (contre la souche initiale et le variant Omicron) chez les primo-vaccinés éligibles (dès 3 mois ou 6 mois après la dernière injection selon les recommandations en vigueur), est essentiel.
Par ailleurs, et au vu de circulation élevée de la grippe sur le territoire, il est fortement recommandé que les personnes à risque de développer une forme grave de la grippe aient recours au plus vite à la vaccination contre la grippe saisonnière. Les vaccinations contre la grippe et contre la COVID-19 peuvent être réalisées le même jour.
L’adhésion aux gestes barrières, dont le port du masque (en présence de personnes vulnérables, en cas de promiscuité dans les espaces fermés comme les transports en commun), reste nécessaire et doit être accentuée pour préserver également le système de soin. Le suivi des autres mesures préconisées reste essentiel : isolement en cas de test positif et/ou en cas de symptôme, lavage des mains et aération des lieux clos.
L’épidémie de bronchiolite restant à des niveaux élevés, il est également recommandé aux parents de nourrissons et jeunes enfants, ainsi qu’à leur entourage, d’adopter les gestes barrières pour limiter la transmission du virus à l’origine de la bronchiolite.
Pour en savoir plus sur la COVID-19, les systèmes de surveillance et la vaccination, consultez le dossier Santé Publique France et le site Vaccination Info Service. Pour plus d’informations sur les données régionales, consultez les points épidémiologiques régionaux. Retrouvez toutes les données en accès libre sur Géodes.
COVID-19 : point épidémiologique du 5 janvier 2023
En savoir plus[1] Les personnes ayant reçu une dose de rappel adaptée aux variants Omicron sont les personnes avec une primo-vaccination complète qui ont reçu une dose de rappel avec un vaccin bivalent (Pfizer original/Omicron BA.5 ou Moderna original/Omicron BA.1), qu’ils aient précédemment reçu une dose de rappel, plusieurs ou aucune. Celle-ci est recommandée 3 mois après la dernière injection de vaccin pour les 80 ans et plus, et 6 mois pour les 60-79 ans et autres personnes à risque de formes graves de Covid-19. Afin de laisser le temps aux personnes éligibles de réaliser leur injection, l’éligibilité est mesurée avec un mois supplémentaire depuis la dernière injection (4 mois pour les 80 ans et plus et 7 mois pour les 60-79 ans).
[2] Tous vaccins confondus. Ces proportions ne prennent pas en compte les infections à SARS-CoV-2 ayant pu survenir dans ce délai.
[3] Les couvertures vaccinales sont estimées pour les professionnels de santé exerçant en Ehpad, en établissement de santé et libéraux identifiés grâce à l’appariement par la Cnam en septembre 2021 des répertoires RPPS (Répertoire Partagé des Professionnels intervenant dans le système de Santé) et Adeli (Automatisation DEs LIstes) avec la base de données Vaccin Covid. Seuls les médecins, pharmaciens, sages-femmes, kinésithérapeutes, dentistes et infirmier(e)s sont identifiés au sein de ces répertoires.
