SUM’EAU : dispositif de surveillance microbiologique des eaux usées

En France, la surveillance des eaux usées, en tant qu’outil pour surveiller l’état de santé de la population, est mise en œuvre dans le cadre du dispositif SUM’EAU (SUrveillance Microbiologique des EAux Usées). Il a été initié sous l’égide du ministère chargé de la Santé et du ministère chargé de l’Ecologie avec l’appui scientifique de Santé publique France sur le volet surveillance épidémiologique et de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail sur le volet analytique. En 2023 ce dispositif permettait de contribuer à la surveillance de la circulation du virus SARS-CoV-2  sur la base de 12 stations de traitement des eaux usées (STEU) : Dijon, Grenoble, Lille, Marseille, Nancy, Orléans, Paris, Pau, Rennes, Rouen, Toulouse. En 2024, le dispositif se renforce avec le suivi de 54 STEU afin d’améliorer la résolution spatiale du suivi de la circulation virale. 

L’extension de la surveillance des eaux usées à d’autres agents pathogènes constitue par ailleurs une perspective prometteuse pour compléter les dispositifs de surveillance actuels d’autres infections, basés sur des données individuelles, comme par exemple les infections virales respiratoires à l'origine d'épidémies saisonnières (grippe, bronchiolite).

Objectifs de la surveillance des eaux usées

• Détecter la présence ou non du virus (actuellement le SARS-CoV-2) 
• Suivre les tendances de la circulation virale 
• Contribuer à l’évaluation de l’efficacité des interventions en santé publique

Cette surveillance s’inscrit dans une démarche globale pérenne et vise à compléter les autres dispositifs de surveillance déjà mis en œuvre (médecine de ville, établissements médico-sociaux, hôpital). Elle permet de détecter et de suivre la diffusion d’une maladie au sein d’une population, et peut être réalisée indépendamment des stratégies et des pratiques de dépistage. L’intérêt principal consiste à détecter de façon précoce les possibles signaux qui pourraient apparaître tels que la présence du génome du SARS-CoV-2 ou une accélération de la circulation du virus dans une population donnée. 

Qu’est-ce que les eaux usées et comment fonctionnent-elles ?

Les eaux usées sont des eaux polluées par des usages domestiques et/ou industriels. Elles peuvent être regroupées sous deux types :

• les eaux usées domestiques comprenant :
  • les eaux ménagères (résultant de leur utilisation pour des usages liés à l’hygiène corporelle, du lavage du linge, de la vaisselle, des sols), 
  • les eaux vannes (eaux alimentant les chasses d’eau et par suite contaminées par matières fécales et urines) ; 
• les eaux usées non domestiques (eaux de ruissellement d’origine pluviale, industrielles…).

Dans le cas de l’assainissement collectif, les eaux usées sont acheminées via des égouts (unitaires ou séparatifs selon l’acheminement conjoint ou non des eaux pluviales) vers une STEU où elles sont traitées avant d’être rejetées dans l’environnement.

Les eaux usées intègrent un ensemble de contaminants physiques, chimiques et biologiques, d’origine humaine, environnementale et/ou industrielle en lien avec les activités et les usages d’un ensemble de personnes et/ou d’établissements mais également avec leur état de santé. En particulier, certains virus peuvent être détectés dans les selles des personnes infectées, ce qui permet de surveiller les eaux usées pour détecter, voire quantifier, la présence de certains agents pathogènes. C’est en particulier le cas du virus SARS-CoV-2, responsable de la COVID-19. 

Comment est réalisé le suivi ?

Un prélèvement hebdomadaire est réalisé dans l’une des STEU du réseau SUM’EAU sélectionnées sur des critères de population et de représentativité territoriale. Chaque prélèvement est ensuite envoyé dans l’un des quatre laboratoires sélectionnés dans le cadre d’un appel d’offres : Eaux de Paris (Ile-de-France), IAGE (Auvergne-Rhône-Alpes, Paca-Corse, Occitanie, Nouvelle-Aquitaine), Inovalis (Pays-de-la-Loire, Centre-Val-de-Loire, Bretagne, Normandie), Eurofins (Hauts-de-France, Grand-Est, Bourgogne-Franche-Comté). Ces laboratoires réalisent les analyses microbiologiques afin de détecter ou non la présence du virus (actuellement uniquement le SARS-CoV-2) et le quantifier. Les résultats sont ensuite transmis à Santé publique France pour la production et la restitution des indicateurs permettant d’estimer la circulation du virus sur le territoire et suivre les tendances.

Comment sont restitués les résultats ?

Les données de la surveillance sont publiées dans le bulletin hebdomadaire national des infections respiratoires aiguës, ainsi qu’en open data sur data.gouv.fr.

Un dispositif qui s’inscrit dans une démarche européenne

La surveillance des eaux usées est une discipline en cours de développement dans la majorité des États membres sous l’impulsion de la commission européenne. Santé publique France participe au projet EU-WISH (Wastewater Integrated Surveillance for Public Health in Europe), une initiative impliquant 26 pays et 61 partenaires qui vise à améliorer la surveillance des eaux usées pour la santé publique à travers l'Europe.