Centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles (CNR)

Les Centres nationaux de référence (CNR) ont pour mission (Arrêté du 2 mars 2022) : 

L'expertise

• Identification et caractérisation des souches adressées par les laboratoires d’analyse et de biologie médicale

Identification ou confirmation en tant que de besoin d’espèces courantes pour lesquelles les techniques d’identification ne sont pas disponibles. Les CNR effectuent cette identification tant que cette technique n’est pas diffusée aux laboratoires, notamment ceux désignés par les Agences régionales de santé (ARS). Les identifications de souches courantes et les diagnostics sérologiques qui constituent des activités habituelles de diagnostic des laboratoires d’analyse de biologie médicale ne sont confiés aux CNR que de façon exceptionnelle et, dans ce cas, donnent lieu à facturation ;
Caractérisation génotypique et/ou phénotypique des souches des agents pathogènes dont ils ont la charge, en propre ou de manière collaborative dans le cadre d’une approche en réseau. L’expertise des CNR peut être sollicitée en urgence par les autorités sanitaires.

• Maintien et détention des techniques de diagnostic et/ou d’identification et de caractérisation

Les CNR assurent la gestion des échantillons biologiques collectés et des bases de données qui leur sont relatives dans les conditions mentionnées à l’article L. 1413-8 du code de la santé publique pendant la durée de leur mandat. Ces échantillons restent la propriété de l’Etat. Si la structure hébergeant un CNR est amenée à changer, notamment lors d’un nouveau mandat, ces collections de souches types, antigènes ou immuns-sérums de référence, marqueurs épidémiologiques, sérologiques et moléculaires et bases de données sont transférées au laboratoire nouvellement nommé CNR.

• Développement ou validation de tests diagnostics

Participation au développement, à l’optimisation, à la validation, à la diffusion et aux recommandations concernant les examens de biologie médicale (techniques de diagnostic, d’identification et/ou de typage) relatifs aux agents pathogènes dont ils ont la charge.
Pour les agents pathogènes émergents nécessitant des mesures urgentes de contrôle des épidémies, les CNR concernés assurent le développement et/ou la validation des techniques diagnostiques, et contribuent à leur diffusion, dans les meilleurs délais et à la demande du ministère en charge de la santé. Dans la mesure du possible, ils contribuent aux procédures d’inscription de ces techniques au référentiel des actes innovants hors nomenclature (RIHN) ou à la nomenclature des actes de biologie médicale (NABM). 
Le CNR peut être amené à assurer une distribution des réactifs de référence si ceux-ci ne sont pas disponibles. Dans ce cas, face à un risque pour la santé publique, les autorités sanitaires peuvent s’appuyer sur des opérateurs publics ou privés afin d’assurer une production et une distribution de réactifs en nombre suffisant, en sollicitant l’appui du CNR en tant que de besoin (expertise, accès à l’échantillothèque, développement et validation d’une technique diagnostique).
Le CNR doit prévoir un plan de montée en charge en cas de situation sanitaire exceptionnelle, notamment pour faire face à un afflux d’échantillons.
Ils participent également aux activités suivantes dont les attendus sont précisés dans les cahiers des charges spécifiques.

• Contribution à l’évaluation de la sensibilité aux anti-infectieux et à la définition des seuils de résistance des agents pathogènes aux anti-infectieux. Les CNR doivent alimenter les bases de données internationales dans ce domaine.
• Participation à l’évaluation des procédures d’inactivation des agents pathogènes.
• Information, formation et, le cas échéant, élaboration et publication de guides techniques.
• Les CNR pourront être sollicités par les agences sanitaires et partenaires institutionnels pour apporter leur expertise, dans la mesure de leurs moyens, dans le cadre d’évaluation de risque (ex : risque transfusionnel, campagne de vaccination) ou de mesures de gestion en lien avec les partenaires

Le conseil

• aux professionnels de santé ;
• auprès du ministère chargé de la santé, des agences régionales de santé, de l'Agence nationale de santé publique, des autres agences de sécurité sanitaire, de la Haute Autorité de santé (HAS), du Haut Conseil pour la santé publique (HCSP) ;
• participation à l'élaboration de mesures de prévention et de contrôle des maladies infectieuses ;
• réponse aux demandes d'expertise ou à des enquêtes.

La contribution à la surveillance épidémiologique

• Surveillance de l'évolution et des caractéristiques des infections

Les CNR réalisent les analyses nécessaires à la surveillance des agents pathogènes dont ils ont la charge, notamment la caractérisation de souches. Ils animent également un réseau de laboratoires correspondants qui réalisent certaines de ces analyses, et en centralisent les résultats.
Les CNR qui participent à la surveillance d'une infection doivent, au minimum, contribuer à renseigner les données pertinentes sociodémographiques, épidémiologiques (ex : exposition, notion de cas groupés, origine associée aux soins, résistance aux anti-infectieux…) et de prise en charge, en coordination avec l'Agence nationale de santé publique. Les CNR veilleront par ailleurs à la représentativité des cas identifiés selon les critères suivants : 

• géographique ;
• lieu et mode de prise en charge ;
• sélection de souches particulières présentant des difficultés d'identification ;

Pour les infections peu fréquentes, les CNR doivent inciter activement les laboratoires à leur adresser l'ensemble des souches isolées en France.
Ils participent également aux activités suivantes dont les attendus sont précisés dans les cahiers des charges spécifiques.

• Participation à la surveillance de la résistance des agents pathogènes aux anti-infectieux via le recueil de données microbiologiques et clinico-épidémiologiques adapté selon les agents pathogènes.
• Contribution à la détection d'infections associées aux soins et à l'analyse/investigation des phénomènes épidémiques en lien avec les Centres d'appui pour la prévention des infections associées aux soins (CPIAS), l'Agence nationale de santé publique et les agences régionales de santé.
• Contribution à l'étude de la couverture immunitaire d'une population protégée ou non par un ou plusieurs vaccins et de son évolution.
• Participation à l'investigation de phénomènes épidémiques (typage de souches, comparaison de souches isolées chez les malades et d'autres sources).
• Contribution aux réseaux de surveillance internationaux, en particulier européens, et à l'alimentation des bases de données s'y rattachant.
• Contribution à des enquêtes ponctuelles à la demande du ministère chargé de la santé ou de l'Agence nationale de santé publique.

L'alerte

• Signalement sans délai de tout phénomène pouvant engendrer un risque pour la santé publique à l'Agence nationale de santé publique, à la direction générale de la santé (DGS) et, le cas échéant, aux ARS concernées, notamment :
  • augmentation de la fréquence d'isolement d'un agent pathogène, ou signalement de cas groupés d'une maladie ;
  • identification d'un agent pathogène nouveau, rare ou émergent (coronavirus, poliovirus, virus Ebola, etc.) ou d'une variation ou mutation d'un agent pathogène connu pouvant lui conférer un avantage sélectif ;
  • apparition de nouvelles formes cliniques ou de pathologies dans de nouvelles populations ;
  • informations concernant des événements de même nature dans des pays étrangers.

Les missions propres à chaque CNR sont détaillées dans un cahier des charges spécifiques (format.pdf) conforme à un cahier des charges type défini par l’arrêté du 2 mars 2022. Pour assurer certaines de ses missions, un CNR peut s’appuyer sur un ou plusieurs (maximum trois) laboratoires dits « laboratoires associés ». Dans ce cas, le responsable du CNR est chargé de la coordination de l’ensemble des activités des laboratoires associés et rend à Santé publique France un rapport annuel faisant la synthèse des activités réalisées par les différents laboratoires (Décret n° 2022-1770 du 30 décembre 2022).

Les laboratoires exerçant les seules missions mentionnées aux 1° et 2° sont désignés “ Centres nationaux de référence-Laboratoires experts » conformément à l’Article D1413-46.  

Un comité des Centres nationaux de référence est placé sous la responsabilité de la Direction Générale de Santé publique France. Il est composé de représentants de la Direction Générale de la santé, de la Direction Générale de l’offre de soins et de Santé publique France, d’experts en épidémiologie, microbiologie, infectiologie ou santé publique nommés en raison de leurs compétences. La moitié au moins de ses membres n’appartient ni aux directions du ministère chargé de la santé, ni à Santé publique France.

Les membres du comité sont nommés pour 5 ans par le directeur général de Santé publique France.

Composition du Comité des Centres nationaux de référence

Décision n°132-DG-2023 du 26 avril 2023

Le mandat des Membres du Comité des CNR s’étend du 26 avril 2023 jusqu’à son renouvellement au plus tard le 25 avril 2028.

Les membres du Comité des CNR sont :

• Président

Christophe Burucoa

• Au titre d’experts en épidémiologie, microbiologie, infectiologie ou santé publique

Christophe Burucoa, François Caron, Clarisse Dupin, Vincent Foulongne, Anne Goffard, Christophe Hennequin, Jérôme Le Goff, Simon Le Hello, Alban Le Monnier, Raphaël Lepeule, Hervé Pelloux, Françoise Raynaud Ramisse, Gilles Salvat.

• Au titre des représentants de la Direction générale de la santé

Alexis Pernin (Suppléant Walid Mokni)

• Au titre des représentants de la Direction générale de l'offre de soins

En attente de nomination

• Au titre des représentants de Santé publique France

Bruno Coignard, Didier Che, Henriette De Valk, Julie Figoni, Isabelle Parent

Le secrétariat scientifique du Comité des CNR est assuré par la Direction des maladies infectieuses de Santé publique France.

Missions du comité des CNR :

• proposer à la Direction Générale de Santé publique France, pour cinq ans, au regard de la situation épidémiologique, la liste des agents pathogènes nécessitant un Centre National de Référence (CNR) ;
• faire évoluer le cahier des charges général des CNR et élaborer les cahiers des charges spécifiques de chaque CNR (format pdf) ;
• analyser les projets et classer les candidatures dans le cadre d'un appel à candidatures ;
• évaluer l'activité des Centres Nationaux de Référence annuellement et à l'issue des cinq années d'activité ;
• contribuer à l'animation du réseau des CNR.

Santé publique France s’appuie sur ce comité pour garantir la qualité scientifique et l’efficience des activités produites par les CNR dans le cadre de leurs missions et le respect de leurs cahiers des charges, animer le réseau de laboratoires ainsi créé et coordonner leurs activités. Au cours de la période quinquennale, le Comité des CNR peut proposer à la Direction Générale de Santé publique France la création de nouveaux Centres Nationaux de Référence ou laboratoires associés pour répondre à des besoins sanitaires qui ne seraient pas couverts sur le fondement de l’article D. 1413-50 du Code de la Santé Publique.

A tout moment, en cas de manquement aux obligations stipulées dans l’arrêté du 2 mars 2022 et conformément au Décret n° 2016-806 du 16 juin 2016 et Décret n°2022-1770 du 30 décembre 2022, le comité peut proposer à la Direction Générale de Santé publique France la suspension ou la radiation d’un laboratoire de la liste des CNR. La Direction Générale de Santé publique France notifie alors au responsable du laboratoire les faits de nature à motiver cette décision. Cette dernière dispose d’un délai d’un mois pour faire connaître ses observations. A l’issue de ce délai ou si les observations du responsable du laboratoire ne sont pas jugées satisfaisantes, la Direction Générale de Santé publique France transmet au Ministre des Solidarités et de la Santé une proposition de suspension ou de radiation.

• Arrêté du 18 septembre 2024 modifiant l'arrêté du 22 août 2011 relatif à la notification obligatoire des maladies infectieuses et autres maladies mentionnées à l'article D. 3113-7 du code de la santé publique et modifiant l'arrêté du 30 décembre 2022 fixant la liste des centres nationaux de référence, des centres nationaux de référence-laboratoires associés et des centres nationaux de référence-laboratoires experts pour la lutte contre les maladies.
• Arrêté du 18 janvier 2023 modifiant l’arrêté du 30 décembre 2022 fixant la liste des centres nationaux de référence, des centres nationaux de référence-laboratoires coordonnateurs et laboratoires associés et des centres nationaux de référence-laboratoires experts pour la lutte contre les maladies transmissibles.
• Arrêté du 30 décembre 2022 fixant la liste des centres nationaux de référence, des centres nationaux de référence-laboratoires associés et des centres nationaux de référence-laboratoires experts pour la lutte contre les maladies transmissibles.

La liste des 43 CNR nommés est disponible ci-dessous. Y figurent les noms des responsables des CNR, des CNR coordonnateurs, des CNR laboratoires associés (CNR-LA) et des CNR laboratoires experts (CNR-LE) participant au réseau, ainsi que les coordonnées permettant de les contacter.

• Liste et coordonnées des CNR 2023-2027

Le responsable de chaque CNR adresse chaque année un rapport d’activité au ministre chargé de la Santé et à Santé publique France. Ce rapport sert au suivi des activités des CNR par le comité des CNR.

Les coordonnées, instructions pour l’envoi de prélèvements et rapports d’activité des CNR sont directement accessibles via leur site web, aux adresses mentionnées ci-après.

• Site CNR Agents transmissibles non conventionnels (ATNC) : En cours
• Site CNR Arbovirus : http://www.cnr-arbovirus.fr
• Site CNR Bactéries anaérobies et botulisme : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/bacteries-anaerobies-botulisme
• Site CNR Borrelia : http://www.chru-strasbourg.fr/service/borrelia
• Site CNR-LE Brucella : https://www.chu-nimes.fr/cnr-brucella/accueil.html 
• Site CNR Campylobacter et Helicobacter : https://www.cnrch.fr/
• Site CNR-LE Charbon : https://irba.sante.defense.gouv.fr/cnr/#charbon
• Site CNR Coqueluche et autres bordetelloses : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/coqueluche-et-autres-bordetelloses
• Site CNR Corynébactéries du complexe diphteriae : https://www.pasteur.fr/fr//sante-publique/CNR/les-cnr/corynebacteries-du-complexe-diphteriae
• Site CNR Cryptosporidioses, microsporidies et autres protozoonoses digestives : https://www.chu-rouen.fr/service/cnr-cryptosporidiose/
• Site CNR Echinococcoses : https://cnr-echinococcoses-ccoms.univ-fcomte.fr/spip.php
• Site CNR Entérovirus et parechovirus : http://cnr.chu-clermontferrand.fr/CNR/default.aspx
• Site CNR Escherichia coli, Shigella, Salmonella : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/escherichia-coli-shigella-salmonella et site CNR laboratoire associé : http://cnr-escherichiacoli-robertdebre.aphp.fr/
• Site CNR Fièvres hémorragiques virales : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/fievres-hemorragiques-virales
• Site CNR-LE Francisella tularensis : http://www.chu-grenoble.fr/content/centre-national-de-reference-des-francisella
• Site CNR Hantavirus : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/hantavirus
• Site CNR Herpèsvirus : http://www.unilim.fr/cnr-cytomegalovirus/
• Site CNR Infections sexuellement transmissibles (IST) bactériennes : https://www.cnr-ist.fr
• Site CNR Legionella : http://cnr-legionelles.univ-lyon1.fr/
• Site CNR Leishmaniose : http://www.parasitologie.univ-montp1.fr/cnrl.htm
• Site CNR Leptospirose : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/leptospirose
• Site CNR Listeria :  https://www.pasteur.fr/fr/node/2455
• Site CNR Méningocoques et Haemophilus influenzae: https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/meningocoques
• Site CNR Mycobactéries et résistance aux antituberculeux : https://cnrmyrma.fr/ 
• Site CNR Mycoses invasives et antifongiques : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/mycoses-invasives-antifongiques
• Site CNR-Le Orthopoxvirus : https://irba.sante.defense.gouv.fr/cnr-orthopoxvirus/#orthopoxvirus
• Site CNR Paludisme : https://cnr-paludisme.fr/ 
• Site CNR Papillomavirus : https://www.cnr-hpv.fr/
• Site CNR Peste et autres yersinioses : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/cnr/les-cnr/peste-autres-yersinioses
• Site CNR Pneumocoques : http://cnr-pneumo.com/
• Site CNR Rage : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/cnr/les-cnr/rage
• Site CNR Résistance aux antibiotiques : http://www.cnr-resistance-antibiotiques.fr/
• Site CNR Rickettsies Coxiella et Bartonella : https://www.mediterranee-infection.com/diagnostic/les-centres-nationaux-de-reference-cnr/cnr-rickettsioses/
• Site CNR Staphylocoques : http://cnr-staphylocoques.univ-lyon1.fr/
• Site CNR Streptocoques : https://www.cnr-strep.fr/
• Site CNR Toxoplasmose : http://cnrtoxoplasmose.chu-reims.fr/
• Site CNR Vibrions et choléra : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/cnr/les-cnr/vibrions-cholera
• Site CNR Virus de l’Immunodéficience Humaine (VIH) : https://www.chu-tours.fr/etre-soigne-et-rendre-visite-a-un-patient/joindre-le-chru/liste-des-services/centre-national-de-reference-du-vih-cnr-vih/ 
• Site CNR Virus de la rougeole, de la rubéole et des oreillons : http://www.chu-caen.fr/service-129.html
• Site CNR Virus des gastro-entérites : http://www.cnr-ve.org/
• Site CNR Virus des Hépatites à transmission entérique (hépatites A et E) : http://www.cnrvha-vhe.org/
• Site CNR Virus des hépatites B, C et Delta : http://www.vhc-henrimondor.com/centre-national-de-referencedes-hepatites-b-c-et-delta/mission-de-service-public
• Site CNR Virus des infections respiratoires (dont la grippe) : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/cnr/les-cnr/virus-influenzae-grippe
• Page d’accueil des CNR hébergés par l’Institut Pasteur : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR

• 10e séminaire des CNR, 19 octobre 2023
• 9e séminaire des CNR, 15 novembre 2019
• Deuxième journée CNR-LNR, 17 novembre 2017
• 8e Séminaire des Centres nationaux de référence, 16 novembre 2017
• Séminaire commun LNR-CNR, 31 mars 2016
• 7e Séminaire des CNR, 27 novembre 2015
• 6e Séminaire des CNR, 28 novembre 2013
• 5e Séminaire des CNR, 28 mai 2009

Textes règlementaires pour le mandat CNR 2023-2027

• Arrêté du 18 septembre 2024 modifiant l'arrêté du 22 août 2011 relatif à la notification obligatoire des maladies infectieuses et autres maladies mentionnées à l'article D. 3113-7 du code de la santé publique et modifiant l'arrêté du 30 décembre 2022 fixant la liste des centres nationaux de référence, des centres nationaux de référence-laboratoires associés et des centres nationaux de référence-laboratoires experts pour la lutte contre les maladies.

• Arrêté du 18 janvier 2023 modifiant l’arrêté du 30 décembre 2022 fixant la liste des centres nationaux de référence, des centres nationaux de référence-laboratoires coordonnateurs et laboratoires associés et des centres nationaux de référence-laboratoires experts pour la lutte contre les maladies transmissibles.
• Décret no 2022-1770 du 30 décembre 2022 relatif aux centres nationaux de référence modifiant les dispositions relatives à la désignation, aux missions et au financement des centres nationaux de référence.
• Arrêté du 30 décembre 2022 fixant la liste des centres nationaux de référence, des centres nationaux de référence-laboratoires associés et des centres nationaux de référence-laboratoires experts pour la lutte contre les maladies transmissibles.
• Arrêté du 2 mars 2022 fixant le cahier des charges des centres nationaux  de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles 

Textes règlementaires pour le mandat CNR 2017-2022

• Par arrêté du 11 juin 2021 (publié au Journal Officiel n° 0140 du 18 juin 2021), sont ajoutés, au 39 de l'article 1er de l'arrêté du 7 mars, deux laboratoires experts pour l’appui au séquençage du SARS-CoV-2 (Pôle infectieux AP-HM, Marseille ; Laboratoire de Virologie, Hôpital Henri Mondor, AP-HP, Paris)
• Arrêté du 28 juillet 2021 modifiant l’arrêté du 7 mars 2017 fixant la liste des centres nationaux de référence (modification du CNR Risques infectieux transfusionnels)
• Arrêté du 17 mai 2021 modifiant l’arrêté du 7 mars 2017 fixant la liste des centres nationaux de référence
• Décret n°2021-605 du 17 mai 2021 prorogeant la durée d’inscription sur la liste des centres nationaux de référence jusqu’au 31 décembre 2022
• Arrêté du 12 décembre 2019 modifiant l’arrêté du 7 mars 2017 fixant la liste des CNR (modification CNR Hantavirus)
• Arrêté du 10 juillet 2018 modifiant l'arrêté du 7 mars 2017 (modification CNR Pneumocoques)
• Arrêté du 7 mars 2017 fixant la liste des centres nationaux de référence, des centres nationaux de référence-laboratoires associés et des centres nationaux de référence-laboratoires experts pour la lutte contre les maladies transmissibles
• Décret n° 2016-806 du 16 juin 2016 relatif aux centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles
• Arrêté du 16 juin 2016 fixant le cahier des charges des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles
• Article L1413-3 modifié par Ordonnance n°2016-462 du 14 avril 2016 - art. 1
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