Surveillance génomique et investigation : piliers de la stratégie de lutte contre la propagation des variants du SARS-CoV-2

Face à un virus plus contagieux, casser au plus vite les chaines de transmission

La détection et la prise en charge des cas de COVID-19 infectés par le variant VOC 202012/01 UK en France doivent être réalisées dans les meilleurs délais afin de ralentir sa diffusion sur le territoire national. Une conduite à tenir a été préparée par Santé publique France, le CNR Virus des infections respiratoires et le Ministère en charge de la santé. Elle a été diffusée le 31 décembre aux professionnels de santé et est mise à jour au fur et à mesure de l’évolution des moyens et des connaissances afin de détecter les cas possibles de nouveaux variants et les faire confirmer par séquençage.

Dès détection d’un cas, tous les acteurs sanitaires sont mobilisés pour accompagner les personnes concernées pour le traçage de leurs contacts éventuels et leur isolement strict pour casser les chaines de transmission.

Renforcement du séquençage et enquête Flash pour estimer la circulation du variant UK sur le territoire

En France, la surveillance génomique des virus SARS-CoV-2 relève des missions du Centre National de Référence (CNR) Virus des infections respiratoires. Elle a pour objectif un suivi de l'évolution génétique des virus pour identifier l'émergence et la distribution spatio-temporelle de virus présentant des mutations susceptibles d'avoir des conséquences sur ses caractéristiques, comme par exemple l’infectiosité, la contagiosité, la virulence. Cette surveillance est réalisée à partir de prélèvements représentatifs des virus circulant dans la population, provenant de plusieurs sources mises en place en collaboration avec Santé publique France et plusieurs partenaires tels que les laboratoires de biologie médicale, le Réseau Sentinelles, les établissements sociaux et médico-sociaux, les hôpitaux.

Concernant le variant VOC 202012/01 UK, une enquête rapide a été mise en place par le CNR (Laboratoire des Hospices Civils de Lyon) en association avec Santé publique France et l’ANRS Maladies Infectieuses Emergentes, afin d’estimer le niveau de circulation du variant britannique sur le territoire français. Elle consiste en un screening par RT-PCR ThermoFisher® puis séquençage des virus isolés des prélèvements traités pendant 2 jours par les laboratoires d’un réseau de virologues hospitaliers coordonné par l’ANRS et plusieurs laboratoires privés. Cette enquête est actuellement en cours.

Dans l’objectif de renforcer la surveillance de ces variants et de mieux en décrire les caractéristiques, d’autres projets sont à l’étude, incluant l’envoi régulier aux laboratoires du CNR d’un échantillon de prélèvements positifs traités dans certains laboratoires de biologie médicale, issus de l’investigation de certains clusters en milieu scolaire ou encore de certaines campagnes massives de dépistage.

L’observation des indicateurs épidémiologiques, toujours essentielle pour détecter un signal

Parallèlement, Santé publique France et les autorités sanitaires maintiennent une vigilance accrue sur les indicateurs épidémiologiques produits de manière quotidienne, au niveau national et régional. Toute modification brutale de ces indicateurs, notamment une augmentation inexpliquée de l’incidence dans une zone géographique délimitée ou la survenue plus fréquente de clusters, peuvent constituer le signal d’un éventuel variant émergent, qui pourra être investiguée en lien avec le CNR.

Dans le cadre d’une suspicion d’infection par un variant du virus SARS-CoV-2, la technique du séquençage des virus étant plus longue que la RT-PCR, les mesures d’investigation et d’isolement des cas et de leurs personnes-contacts doivent être mises en œuvre sans attendre afin d’en limiter la diffusion.